La situación era compleja, pues los Habsburgo habían conseguido hacerse con la corona húngara y así, Juan Segismundo Szapolyai intentaba como máxima autoridad húngara hacerle frente y reclamar el trono de Hungría.

Entonces, entre 1571 y 1576 Cristóbal se convirtió en capitán de Várad, ocupando el cargo militar más alto en Transilvania.

Tras su muerte, su pequeño hijo Segismundo Báthory, sobrino del rey Esteban, fue elegido como regente transilvano.

Sin embargo, Segismundo era menor de edad aún, por lo cual Esteban continuó gobernando Transilvania como Príncipe.

Cuando murió Esteban en 1586, el noble Juan Ghyczy continuó como regente y tutor del pequeño Segismundo Báthory hasta que este alcanzó la edad apropiada para convertirse en Príncipe de Transilvania.