Báthory recibió una profunda educación humanista, aunque nunca estudió en la universidad de Padua, la más reconocida en su época.

Al producirse la Reforma, Báthory se aferró a su fe católica, volviéndose uno de sus más grandes defensores, como lo eran también los Habsburgo.

Regresó a Transilvania, la cual se hallaba en ese momento aún bajo el control de los Habsburgo, quienes habían heredado la corona húngara.

En 1562 Báthory sufrió una derrota en la batalla librada junto a Hadad (hoy Hodod en Romania) contra las fuerzas de Balassa.

Sin embargo, el monarca transilvano no cumplió el tratado temporal firmado en Szatmár, pues los turcos otomanos aliados con este habían decidido atacar.

Como consecuencia de esto, Báthory fue arrestado en Viena por dos años y medios al estar actuando como embajador ante Maximiliano.

Maximiliano deseaba apoderarse del trono polaco recién vacante, pero no contaba con que Báthory también había quedado como uno de los posibles candidatos para ocuparlo.

En cuanto a su política interna, Báthory se esforzó por fortalecer el poder del príncipe: revisa los otorgamientos anteriores de las propiedades principales, toma en cuenta los ingresos estatales, desarrolla el comercio y la minería.

No perturba la paz religiosa que existía en Transilvania en ese momento (al mismo tiempo prohibió las nuevas reformas), aunque su objetivo era fortalecer el catolicismo en el Principado de mayoría protestante.

En 1579 estableció a los jesuitas, y como reformador religioso, ordenó el encierro del obispo unitario Ferenc Dávid en la prisión de Déva.

El propio príncipe fue un excelente escritor político, y sus cartas son estimadas por estudiosos como de estilo prodigioso.

El nuevo rey, sin embargo, a la muerte de su hermano mayor abandonó Polonia para ocupar el trono francés.

Parecía como si los alemanes y los rusos fueran a desmembrar el reino entre ellos, mientras tenían que contener los ataques de los turcos desde el sur.

Así pues, la corte polaca se convirtió en esta época en el centro de mayor relevancia cultural en la Europa Central.

Así, Báthory cumplió con sus expectativas en gran parte asistido por guerreros húngaros hajdú (los cuales eran pastores armados): entre 1579 y 1581 venció a los rusos en tres campañas militares.

Primero recuperó la fortaleza de Polock, y luego asedio exitosamente Velikije Luki; finalmente movilizó sus tropas hacia Pskov.

Por ello Báthoy con la asistencia del religioso jesuita Antonio Possevino, en 1582 en Jam Zapolskij firmó un armisticio con los rusos.