En esta época Esteban Báthory no era solamente rey de Polonia, sino anteriormente, en 1571 había sido elegido Príncipe de Transilvania, título al cual no renunció aún tras marcharse a Cracovia.

Desde ahí gobernó los dos Estados dejando como regente en Transilvania a su hermano mayor Cristóbal Báthory.

Para 1588 Segismundo alcanzó la edad adecuada para gobernar por sí mismo y sin tutores y fue en este momento cuando Baltazar Báthory regresó a Transilvania para convertirse en consejero de su primo.

Sin poder permitir esto, el imperio germánico decidió extender su influencia sobre Transilvania, para deshacerse del joven y débil Príncipe.

En agosto de ese mismo año Segismundo recuperó el poder, e hizo encerrar a todos los nobles opositores incluyendo a su primo Baltazar, quien fue posteriormente asfixiado en su celda.