Por su fidelidad Szapolyai le otorgó numerosas propiedades igual como lo hizo con el conde Esteban Báthory.

Tras la muerte de Szapolyai en 1571 Esteban Báthory fue elegido como el nuevo monarca transilvano, y Juan Ghyczy continuó a su servicio.

Dejó como regente en Transilvania a su hermano mayor Cristóbal Báthory, quien falleció en 1581.

Sin embargo la muerte de Esteban Báthory agravó las circunstancias, pues ambos tronos (el polaco y el transilvano) quedaron vacíos, y Segismundo no tenía aún edad suficiente para gobernar.

Luego de su renuncia y del ascenso de Segismundo se convirtió en su primer consejero y en el capitán general del país