Su suegro, el Príncipe Jorge Rákóczi I le pidió que abandonase su fe católica y se volviese calvinista, lo cual ella hizo casi de inmediato para complacerlo.

Posteriormente, Sofía terminó cayendo bajo la influencia del religioso jesuita Emérico Kis.

Sin embargo, en 1676 murió su hijo Francisco Rákóczi I lo cual fue un gran golpe para Sofía.

La viuda, Helena Zrínyi pronto buscó un nuevo marido y manifestó sus intenciones por casarse con el conde Emérico Thököly.

Molesta, Sofía intentó impedir dicha unión a toda costa, aunque no tuvo éxito y pronto Thököly se convirtió en el noble más influyente de su época, quien cuidó del hijo de Helena Zrínyi, Francisco Rákóczi II, nieto de la noble Báthory.