Hijo del Príncipe Jorge Rákóczi II y Sofía Báthory.

De esta manera pasó el poder definitivamente a los turcos otomanos y a los nobles húngaros que los apoyaban, desapareciendo consigo las esperanzas del joven Francisco Rákóczi I de recuperar el poder.

Sin embargo, Francisco Rákóczi I, aliado con Pedro Zrínyi y Cristóbal Frangepán intentaron llevar a cabo un atentado contra los Habsburgo para así obtener la independencia de los territorios húngaros bajo su control, y en 1670 se llevó a cabo un alzamiento en la provincia junto al río Tisza.

Dicho movimiento resultó un fracaso y pronto Francisco halló refugio con su madre y los jesuitas, luego de pagar un enorme rescate por su crimen.

El primogénito de Rákóczi y Helena Zrínyi murió no mucho luego de nacer en 1667, posteriormente en 1672 nació una hija, Juliana y en 1676 nació Francisco, su segundo varón quien alcanzó la edad adulta y posteriormente se convirtió en Príncipe de Transilvania.