En 1859 el Ducado de Módena fue invadido por el rey Víctor Manuel II de Cerdeña, incorporando al año siguiente Módena al nuevo reino de Italia.
Francisco se retiró a Austria, donde vivió la mayor parte del resto de su vida.
[1] Tras la muerte de su madre en 1840, Francisco fue considerado como el legítimo heredero al trono de Inglaterra y Escocia de los Jacobitas (como "Francisco I de Inglaterra").
A su muerte legó la herencia jacobita a su sobrina, María Teresa de Austria-Este (como María IV de Inglaterra y III de Escocia) [cita requerida], quien posteriormente fue reina consorte de Baviera.
[1] Dejó la mayor parte de su enorme finca a su primo el archiduque Francisco Fernando de Austria, que posteriormente llevó el título de archiduque de Austria-Este.