Sucedió a su hermano mayor Francisco II, quien murió tras un año y medio de reinado.

Durante los diez años que hubo que esperar para ascender al trono, la regencia fue confiada a su madre Catalina de Médicis,[3]​ quien gobernó hasta la mayoría de edad del rey.

Louis de Condé fue hecho prisionero, en tanto que el jefe del ejército católico, Montmorency, fue capturado por los protestantes.

Durante mucho tiempo, Carlos IX fue considerado como un rey fanático que alentaba los asesinatos; los romances y la tradición popular hicieron correr el rumor de que el propio rey había disparado desde las ventanas del Louvre contra los protestantes.

Se fomentó una conspiración contra él y contra su madre a fin de poner en el trono a su hermano François d’Alençon, conspiración que fue descubierta por Catalina de Médicis.

Estos sucesos acabaron por debilitar mucho más al rey, que buscó refugio en el castillo de Vincennes.

Para acallar los rumores sobre un posible envenenamiento, Ambroise Paré le hizo la autopsia al día siguiente y certificó que el rey había muerto de una pleuresía que desembocó en una neumonía tuberculosa.

Este príncipe, que había recibido lecciones de Jacques Amyot, era culto y le gustaba escribir.