Sin embargo, no pudieron ayudar a los católicos en Escocia contra la progresiva Reforma escocesa, y la Alianza Auld se disolvió.

Francisco II fue sucedido por dos de sus hermanos, quienes tampoco pudieron reducir las tensiones entre protestantes y católicos.

Este hecho probó la fertilidad del heredero francés y añadió presión sobre Catalina para que tuviera un descendiente.

Con cinco años y medio, María fue llevada a la corte francesa, donde se prometió con el delfín, Francisco.

Sus padrinos fueron Francisco I (quien lo nombró caballero durante la ceremonia), el papa Pablo III y su tía abuela, Margarita de Navarra.

Como resultado del matrimonio, Francisco se convirtió en rey consorte en Escocia hasta su muerte.

Cuatro años más tarde, se casó con su primo hermano Enrique Estuardo, con quien, en junio de 1566, tuvo su único hijo, Jacobo.

Según la ley francesa, Francisco a la edad de quince años era un adulto que en teoría no necesitaba un regente.

A Diana de Poitiers, la amante del rey anterior, también se le pidió que no compareciera en la corte.

La oposición fue dirigida por dos príncipes de sangre, que disputaron su poder y sus decisiones como gobernantes.

[9]​ La principal crítica contra los Guisa, era que se aprovechaban de la juventud del rey para ejercer el poder arbitrariamente.

Las frustraciones aumentaron en la corte, ya que los recortes salvaron a los regimientos bajo el control de los Guisa y sus amigos.

En religión, los Guisa aumentaron la represión del protestantismo iniciada por el rey Enrique II.

Los conspiradores planearon apoderarse del palacio con la ayuda de la guardia real, secuestrar al rey, y luego eliminar a los Guisa si ofrecían alguna resistencia.

Desde todas partes del reino, las tropas se dirigían al castillo de Amboise, donde residía la corte.

Durante los días siguientes, las tropas desorientadas, en su mayoría campesinos, fueron arrestados uno por uno en el bosque de Amboise y sus alrededores.

Las represalias continuaron durante varias semanas y murieron casi mil doscientas personas.

Como todavía estaba libre, Condé dejó la corte para encontrarse con su hermano Antonio en el suroeste.

Las asambleas públicas todavía estaban prohibidas, pero el gobierno liberó a todos los presos religiosos.

El gobierno fue entonces dominado por "medianos", humanistas convencidos de que la reconciliación entre cristianos era posible, basada en concesiones recíprocas.

Para mitigar las críticas al rey basadas en su juventud, el gobierno trató de ganar su aprobación comunicando sus decisiones ellos mismos.

A expensas de su influencia en Europa, Francia continuó restaurando las tierras conquistadas en los últimos 40 años.

[13]​ Cuando su padre, el rey Enrique II, murió, la restitución de estos territorios estaba en marcha.

Además devolvería los territorios tomados en el Monferrato a Guillermo Gonzaga, duque de Mantua.

Cuando Francisco II murió, Francia se retiró de Escocia, Brasil, Córcega, Toscana, Saboya y la mayor parte del Piamonte.

Una cláusula secreta firmada por la reina, disponía que Escocia se convertiría en parte de Francia si la pareja real no tuviera hijos.

Se han sugerido múltiples enfermedades, como la mastoiditis, meningitis u otitis exacerbada en un absceso.

Francisco II murió sin hijos, por lo que su hermano menor Carlos, entonces de diez años, lo sucedió.

Los Guisa abandonaron la corte, mientras que María Estuardo, la viuda de Francisco II, regresó a Escocia.

Se convirtió en rey cuando era un adolescente inexperto, en un momento en que el reino estaba luchando con problemas religiosos.