Fue canciller mayor de Castilla.

En 1596 fue nombrado gobernador general de los Países Bajos.

En 1598 renunció al arzobispado y a los hábitos y al año contrajo matrimonio (18 de abril de 1599) con su prima carnal Isabel Clara Eugenia, hija del rey Felipe II de España, este traspasó la soberanía de los Países Bajos al matrimonio con la cláusula de que si a la muerte de uno de los cónyuges, éstos no tuviesen descendencia, el territorio volvería a la Corona Española,[3]​ como finalmente sucedió.

Al fallecer en el año de 1621 sin descendencia, los Países Bajos revirtieron a la Corona Española, quedando su mujer, Isabel Clara Eugenia, como gobernadora en nombre de su sobrino, el rey Felipe IV de España.

Con Isabel Clara Eugenia tuvo tres hijos (Felipe, Alberto y Ana Mauricia) que murieron en la infancia.