En el mismo emplazamiento, han existido diferentes edificios que han cumplido con la misma función durante cerca de cinco siglos, desde que fuera ocupado en 1535 por el gobernador Francisco Pizarro.
A lo largo de cuatrocientos setenta años, seis terremotos, cuatro saqueos y tres incendios destruyeron parcial o totalmente el edificio.
[6] El marqués Pizarro era hombre de costumbres sobrias y no tuvo tiempo para emprender una obra suntuosa.
En dicha pintura se puede observar la gran portada con su balcón y frontón con las armas reales.
Dio ocasión asimismo, para que el palacio se remozara aunque no tanto.
[7] La única alteración, conservada por mucho tiempo, fue la portada sobre la calle del Palacio, mandada erigir por el virrey Francisco Gil de Taboada.
[15] Cuando se produjo este siniestro, a quien tocó gobernar fue al general Miguel Iglesias.
En 1886 en el gobierno de Andrés Avelino Cáceres se restauró instalaciones dañadas.
A principios del siglo XX, durante el gobierno de José Pardo y Barreda se convocó a un concurso internacional para la construcción de una residencia presidencial; el ganador fue el arquitecto Emile Robert, cuyo proyecto, de estilo arquitectónico afrancesado, jamás se llegó a concretar.
El presidente Augusto Leguía inició posteriormente la transformación del inmueble levantando una elegante fachada de piedra en la que se mantuvo la Puerta de Honor, y que se conservó en la nueva edificación, y dos semanas después mandó levantar el Salón Inca, de cartón piedra, con motivos indigenistas y contemporáneos.
En 1926 Leguía encargó al arquitecto francés Claude Antoine Sahut Laurent el diseño del nuevo Palacio de Gobierno, juzgándose por entonces que el siniestrado edificio era arquitectónicamente insignificante y de modesta elevación.
Las obras de Sahut estaban influenciadas por los estilos historicistas y franceses; sin embargo, fue uno de los arquitectos que dieron auge al estilo neocolonial con tendencias moriscas, lo cual se ve reflejado en el diseño del palacio.
La fachada del palacio (entrada principal) que da hacia la Plaza Mayor, el ala izquierda (que da hacia la calle Pescadería), el cine, la capilla y la residencia corresponden a esa época.
Dichos trabajos fueron realizados por un artista español, amigo personal de Keiko Fujimori, quien le sugirió el pintado de las instalaciones del palacio con colores que reflejen las tendencias artísticas que estaban en boga en ese tiempo.
Esta propuesta llegó a desecharse dado que no existían otras edificaciones gubernamentales aptas para el ejercicio del Poder Ejecutivo.
La escalera al final del pasillo está enmarcada por dos bustos de los Libertadores del Perú Simón Bolívar y José de San Martín, esculpidos por el artista peruano Luis Agurto.
En el año 1972 durante el Gobierno Revolucionario de la Fuerza Armada del presidente Juan Velasco Alvarado fue rebautizado como Salón Túpac Amaru (en honor al revolucionario indígena del siglo XVII), habiendo sido llamado por Fernando Belaúnde Terry en su segundo mandato como Túpac Pizarro.
[21] En el Salón Basadre se exhiben dos carruajes, un coche de verano tipo landó y una carroza de invierno tipo berlina, que se usaron para llevar a los presidentes a las ceremonias oficiales.
Anteriormente, este salón era conocido como el Cine-Teatro del Palacio de Gobierno.
Aquí también se encuentran una mesa de trabajo con sillas que tienen el escudo del Conquistador Francisco Pizarro, las mismas que se encuentran el Gran Comedor de Palacio.
Este salón era mayormente usado por el presidente Alan García para dirigirse a la nación en varias oportunidades.
[26] El Salón de Embajadores, hoy llamado Salón Mariano Santos Mateo, es un recinto donde los embajadores presentan sus credenciales al Presidente de la República, en el momento en que son reconocidos oficialmente.
El salón con capacidad para 250 comensales fue diseñado por Ricardo de Jaxa Malachowski en estilo barroco colonial.
En este patio se encuentra la higuera supuestamente plantada por el propio Pizarro.
En 1958, el presidente Manuel Prado Ugarteche contrajo matrimonio religioso con su esposa, Clorinda Málaga.
Durante el gobierno de Fernando Belaúnde Terry, su hija contrajo matrimonio en esta capilla.
Además cuenta con un gran crucifijo blanco que se utiliza para determinadas ceremonias, y el lugar esta ambientado con diferentes cuadros religiosos.
En la parte superior tiene un balcón donde se puede interpretar el coro de la misa durante la celebración.
Las ventanas dan al jardín trasero del palacio limitadas por rejas enormes que unen los dos brazos de la fachada.
Este patio tiene una salida que conecta con la entrada a la Casa de la Literatura.