Hay vestigios que datan de hace dos mil años aproximadamente.

Los primeros habitantes de la región fueron los ayarmacas quienes, al llegar los primeros gobernadores cusqueños, defendieron su territorio y ofrecieron seria resistencia antes de ser incorporados al imperio.

Hacia 1536, en plena conquista, Manco Inca inició su rebelión incendiando Chinchero para que los españoles no renovaran sus provisiones y dejaran de perseguirlo en su retirada hacia regiones selváticas desconocidas.

Aquí estableció una reducción de indios y mandó construir la actual iglesia, que fue levantada sobre hermosas salas incaicas.

[2]​ Aquí está lo que en la época incaica fue la hacienda real de Túpac Inca Yupanqui, así como un templo colonial construido sobre basamentos de dicha civilización, especialmente las típicas puertas o ventanas más anchas abajo y más angostas arriba, lo que fue una característica de la arquitectura incaica.