Gobernó al Perú con un apego a las leyes inusual en la historia peruana.

Hombre de amplia cultura humanística, destacó también por sus numerosas obras ensayísticas, escritas en una prosa castiza y pulcra.

En sus años de universitario compuso poesía; sus versos eran contemplativos y ceñidos a las formas convencionales.

Renunció ella cuando el gobierno de Augusto B. Leguía intervino contra la autonomía universitaria.

En 1945, finalizando ya el primer gobierno de Manuel Prado y Ugarteche, se convocaron las elecciones generales.

El gobierno de Prado, pese a reclamarse democrático, mantenía en la proscripción al partido más popular del Perú, el aprista, cuyo líder era Víctor Raúl Haya de la Torre.

Ambos se complementaban: Haya disponía del partido más poderoso; Benavides gozaba de prestigio entre los más importantes sectores económicos y de reconocido y grande ascendiente en el ejército.

También obtuvo mayoría en el Parlamento, de la que los representantes apristas formaban un núcleo importante.

Su primer gabinete ministerial lo presidió el arequipeño Rafael Belaunde Diez Canseco.

Escaseaban los productos alimenticios; había dificultades para el desarrollo de las industrias nacionales; escaseaba la moneda extranjera, entre otras situaciones que acentuaron la crisis económica que ya se perfilaba desde el final del primer gobierno de Prado, trayendo como inevitable secuela el malestar social.

En el aspecto político, tardó en ocurrir la ruptura del Frente Democrático Nacional, pasando uno de sus más importantes integrantes, del Partido Aprista, a hacer una desaforada oposición al gobierno desde el Parlamento, al ver que el presidente se negaba a someterse a su voluntad.

Como dicho diario realizaba entonces una persistente campaña antiaprista, se acusó del crimen a los apristas.

Bustamante gobernó entonces sin Parlamento, pues no podía hacer otra cosa, y el APRA lo acusó de haber maquinado todo ello para inmovilizar a la oposición.

Este gabinete tuvo que hacer frente a la difícil situación creada por la exacerbada oposición aprista y la reacción antiaprista.

A fin de dar solución al problema planteado en el Congreso por el receso o el ausentismo de los parlamentarios, Bustamante propuso, en julio de 1948, la convocatoria a un Congreso Constituyente integrado por los congresistas electos en 1945 y un número adicional elegido por lista incompleta y en distrito electoral único.

No obstante la aguda crisis política, el gobierno de Bustamante se caracterizó por su tendencia a afianzar la democracia política y por un amplio goce de las libertades públicas.

Todo lo cual significó un peligroso crecimiento del gasto público, sin ampliarse la recaudación tributaria.

Estos, alentados por el sector agro-minero exportador, opuesto al control de cambios aplicado por Bustamante, tramaron dar un golpe de Estado, mientras que los apristas planeaban otro golpe propio.

Bustamante puso fuera de la ley al partido aprista, pero ya era muy tarde.

Tras una breve estadía en Nueva York, la pareja pasó los siguientes cinco años en Madrid y Ginebra.

En 1968 fue incorporado a la Academia Nacional de la Historia, ocupando la plaza dejada por Luis Antonio Eguiguren.

Gobernaba entonces en el Perú Alan García, primer y único presidente aprista de la historia.

Bustamante y Rivero aparece como personaje en la película noruega Kon-Tiki (2012), interpretado por el actor maltés Manuel Cauchi.