Inmediatamente después, Iglesias fue designado Ministro de Guerra y Marina por el gobierno dictatorial inaugurado por Piérola.

Iglesias participó en la batalla de San Juan y Chorrillos, cayendo prisionero en esta última.

Sin embargo, fue liberado por las tropas chilenas y se retiró a su Fundo Udima en Cajamarca.

En 1882 Iglesias sería nombrado Jefe Superior Político y Militar del Norte por el gobierno de Lizardo Montero instalado en Huaraz.

Había así a fines de 1882 dos gobiernos simultáneos, con lo cual se agudizaba más la precaria situación política del país (Medina 1989: 190).

Los chilenos decidieron entonces eliminar a Cáceres y evitar cualquier peligro que impidiera la firma de la paz (Medina 1989: 191).

Iglesias marchó hacia Lima para asumir el gobierno del país, al ser ungido por la Asamblea como Presidente Provisorio.

Sin embargo, este prefirió permanecer en el poder y exigir el sometimiento incondicional de Cáceres.

Ante sus derrotas en la costa norte, Cáceres se retiró al centro sur: Cuzco, Arequipa, Apurímac y Ayacucho, donde pudo reorganizar su ejército para volver a atacar.

Regresó al ser elegido como senador de Cajamarca, pero no pudo asumir esa función pues falleció en 1909.

En dicho Congreso se tuvo representantes de 10 departamentos del Perú (Amazonas, Ancash, Cajamarca, La Libertad, Lambayeque, Lima, Loreto, Piura, San Martín, Tumbes) de los cuales hubo 34 titulares.

[1]​ En el mismo año se instaló en Arequipa el Congreso de la República del Perú con 64 diputados, quienes fueron representantes de Ancash, Apurímac, Arequipa, Ayacucho, Cusco, Huancavelica, Huánuco Junín, Lima, Moquegua, Pasco, Puno y Tacna.

[3]​ La información es escasa en torno al Poder Ejecutivo del gobierno de Miguel Iglesias.

El desgarramiento político y social, junto con la destrucción el aparato productivo nacional, debido a los innumerables cupos de guerra, los interminables meses de ocupación y resistencia, y la amputación territorial de la costa sur del país, fue el balance final de una guerra que había contribuido a abrir, aún más, las brechas sociales, políticas, económicas y regionales, que tradicionalmente habían dividido al país (McEvoy 1997: 222).

Este reconocimiento incluía también ayuda económica y militar, con el objetivo de que venza a Cáceres, consolide su régimen y se pueda llegar a firmar el Tratado de Paz con cesión territorial.

Un documento titulado “La Traición de Iglesias” publicado en Guayaquil en 1884 evidencia dicho rechazo.

Además, se dice que podía ser considerado un “traidor a la patria” por cualquier legislación del mundo por cinco razones: entregó territorio peruanos; había concertado con el “enemigo” en contra del Gobierno Nacional, permitió directa o indirectamente la toma de distintas ciudades y de tropas peruanas por parte del ejército chileno para que les impusiesen cupos u otros daños; había proporcionado información necesaria para dañar al país; y convenció a sus compatriotas a que siguieran sus lineamientos y se enfrentó a los que no lo hacías, a los que el autor llama verdaderos patriotas (s/a 1884: 15, 16).

En setiembre, el gobierno decretó que siendo necesario determinar el valor y número del armamento, todo contrato de vestuario, equipo, etc. y su aceptación, debía ser remitida al Ministerio de Hacienda.