[2]​ Fue redactor del periódico católico El Bien Público, destacando rápidamente por sus dotes de polemista.

También fue miembro del Coro Metropolitano, al que se incorporó en 1871 como canónigo teologal; luego fue tesorero, maestrescuela y deán.

[4]​ Finalizada la guerra, pronunció una elocuente Oración Fúnebre durante los oficios religiosos efectuados en homenaje a los soldados peruanos caídos en la defensa de Lima.

Tovar apoyó la labor de dicho gobierno, que pronto fue cuestionado por el general Andrés Avelino Cáceres y sus partidarios.

[1]​[8]​ En 1891, el gobierno de Remigio Morales Bermúdez lo propuso para una diócesis titular.

El gobierno lo propuso como arzobispo de Lima, lo que fue aceptado por la Santa Sede.

Sin embargo, el Estado, según lo establecido en la Constitución, protegía a la Iglesia Católica y prohibía la expresión pública de otros credos.

Al año siguiente, el Estado autorizó que la Iglesia administrara libremente sus bienes, dándole así cierta autonomía económica.

[12]​ En 1906 hubo una tensión entre Estado e Iglesia, pues al fallecer el conocido político anticlerical Cesáreo Chacaltana, monseñor Tovar se negó a decir la oración fúnebre en su entierro, lo que causó que la cámara de diputados exigiera al Ejecutivo la supresión de las ceremonias religiosas en los honores fúnebres oficiales, así como el reemplazo del arzobispo.

En los últimos instantes de su vida estuvo a su lado su médico personal, Belisario Sosa.