Su gobierno fue discreto, no realizando grandes obras públicas y limitándose a continuar la política del presidente anterior.

[2]​ Hizo sus estudios escolares en Tarapacá y parecía destinado al negocio familiar del salitre.

Se sumó al bando revolucionario que encabezaba su paisano, el general Ramón Castilla.

[3]​ Tras estar retirado por un tiempo del ejército, volvió al servicio integrando el batallón Arequipa, esta vez a raíz de la revolución nacionalista del coronel Mariano Ignacio Prado contra el gobierno de Juan Antonio Pezet.

[3]​ Ya bajo el gobierno constitucional de Mariano Ignacio Prado, marchó en 1868 a Chiclayo para combatir el levantamiento del coronel José Balta (guerra civil de 1867), pero sus mismos subordinados se rebelaron y lo apresaron, entregándolo a Balta, aunque este lo trató con respeto.

[1]​ Luego se sumó a la resistencia encabezada por el general Andrés A. Cáceres[6]​, siendo nombrado prefecto del departamento de Ayacucho.

Como contrincantes se presentaron el médico Francisco Rosas, candidato por el Partido Civil, que resurgía así desde la primera y única vez que había llegado al poder en 1872; y Nicolás de Piérola, líder del Partido Demócrata.

[11]​ La candidatura más popular era la de Piérola, por lo que el gobierno se propuso eliminarla.

[13]​ Contando, pues, con el control total del proceso electoral a su favor, Morales Bermúdez resultó ganador con 2899 votos, que representaba el 68% de los votos válidos de los colegios electorales.

No hubo manifestaciones ni protestas en contra del resultado; el mismo candidato Rosas felicitó al ganador.

[16]​ En su gobierno se sucedieron ocho gabinetes ministeriales, presididos por los siguientes ministros: Basadre describe así la personalidad del presidente:[16]​

El primer ministro, Mariano Nicolás Valcárcel, fue acusado de tener responsabilidad en dichos crímenes.

Sin embargo, Valcárcel pasó a presidir la Cámara de Diputados y la acusación en su contra no prosperó.

Su novedad fue que prohibió por primera vez en la historia republicana el sufragio a los analfabetos.

[30]​ El gobierno procedió de lleno a apoyarlo, no escatimando en cerrar periódicos opositores y desconocer las garantías individuales.

La suma ofrecida escaló a los veinte millones, lo que el gobierno peruano rechazó.

Pero el representante chileno objetó estas bases y aunque se firmó un protocolo, este solo trató sobre algunos puntos menores.

Este asunto sería desde entonces la preocupación principal de la cancillería peruana, por varias décadas más.

El Congreso ecuatoriano se apresuró a aprobar dicho tratado, pero el Congreso peruano, bajo presión de los representantes amazónicos, puso como condición hacer modificaciones en la línea trazada, lo que fue del desagrado del Ecuador.

[36]​[37]​ Colombia, por su parte, presentó críticas frente a las acciones de ambos gobiernos y especialmente al peruano.

Pero en 1894, al reanudarse las negociaciones con Ecuador, el Perú cambió su actitud y aceptó la tercería colombiana (acuerdo tripartito).

Este acuerdo fue perjudicial para Iquitos, donde hubo fuerte oposición, pero lo mismo ocurrió en Brasil, que lo denunció en 1904, quedando finalmente invalidado.

[40]​ En cuanto a la política económica, Morales Bermúdez se propuso cumplir los compromisos derivados del contrato suscrito por el primer gobierno de Cáceres con la firma inglesa Grace en 1888, que transfería a esta compañía el control de todos los ferrocarriles del país a cambio del arreglo de la deuda externa.

Las metas del gobierno se plantearon mediante el control arancelario que utilizó como negociación en tratados con países vecinos; por ejemplo, con Chile.

[43]​ La merma en los ingresos fiscales se compensó con el auge industrial iniciado durante este periodo.

[50]​ Sin embargo, se pueden citar algunas obras importantes que se realizaron bajo su gobierno: El 23 de marzo de 1894 el presidente Morales Bermúdez enfermó gravemente y pese a la atención médica que se le brindó, falleció el 1 de abril, día en que coincidentemente debía celebrarse las elecciones para elegir a su sucesor.

[63]​ En su testamento, Morales Bermúdez «reveló una honrosa pobreza», según palabras de Jorge Basadre.