Luego de la guerra del Pacífico, desempeñó un rol clave en la Reconstrucción Nacional.

En las dos décadas siguientes, que forman el periodo de la historia peruana denominada por el historiador Jorge Basadre como «la República Aristocrática» (1895-1919), se produjo la hegemonía del Partido Civil, al ser «civilistas» la mayoría de los presidentes de la República: Eduardo López de Romaña (1899-1903); Manuel Candamo (1903-1904); Serapio Calderón (1904); José Pardo y Barreda, hijo del fundador del partido (1904-1908 y 1915-1919); y Augusto B. Leguía (1908-1912), quien se desligó del partido y formó su propia agrupación política.

Su principal centro de reunión fue el tradicional Club Nacional, institución a la que varios miembros del partido pertenecían.

Siendo así, sostenían que no era la voluntad popular ni la opinión pública quienes hacían tomar las decisiones al mandatario.

Se produjo una entusiasta adhesión en Lima y las provincias ante la posibilidad de un civil como gobernante.

La crisis económica se agravó y el país quedó al borde de la bancarrota.

Para colmo, descuidó la defensa nacional, cancelando la construcción de dos navíos blindados, mientras que Chile se armaba peligrosamente, llegando a superar el poderío bélico del Perú.

Luego de la guerra del Pacífico, el Partido desempeñó un rol clave en la Reconstrucción Nacional.

En 1893 el Partido se unió al Círculo Parlamentario del ex-cacerista Mariano Nicolás Valcárcel, formando la Unión Cívica que buscaba apoyar la candidatura presidencial de este.

Sin embargo, al año siguiente, el presidente Remigio Morales Bermúdez falleció súbitamente y segundo vicepresidente, Justiniano Borgoño, asumió la Presidencia interina, convocando elecciones en las que controvertidamente resultó elegido Andrés A. Cáceres.

En 1895 Cáceres, clara expresión del militarismo en el Perú, fue depuesto tras una guerra civil y ese año se convocaron elecciones en las que resultó elegido Piérola con apoyo de la Coalición Nacional.

En 1896, Manuel Candamo fue elegido presidente de la junta directiva del Partido y en 1899 formó una alianza con el Partido Demócrata para presentar un único candidato en las elecciones presidenciales, que fue el independiente Eduardo López de Romaña.

Este resultó triunfante y así se mantuvo en el poder la Coalición demócrata-civilista, que gobernaba desde 1895.

En 1912, finalizando el período presidencial, Leguía auspició la candidatura de Antero Aspíllaga Barrera.

Todo indicaba que el triunfador sería el gobiernista Aspíllaga, cuando surgió entonces la candidatura independiente de Guillermo Billinghurst (exalcalde de Lima y antiguo militante pierolista), quien amparado en su arrolladora popularidad logró suspender las elecciones y trasladar la decisión electoral al Congreso.

Si bien en este parlamento predominaban los civilistas y leguiístas, estos accedieron a satisfacer el pedido popular.

Durante el breve gobierno de Billinghurst (1912-1914), el civilismo, golpeado por el cisma sufrido, continuó languideciendo.

Pardo no pudo contrarrestar la exacerbada oposición que le hicieron desde el Congreso y la prensa.