En 1864 el presidente Juan Antonio Pezet le confió una misión en Europa para gestionar un empréstito.

Se encargó del gobierno en un período de honda crisis financiera y emprendió ingrata pero patriótica tarea.

Inclinado hasta entonces hacia los estudios humanísticos, empezó a interesarse por el rigor y las aplicaciones prácticas de la Economía.

Se instaló nuevamente en Jauja para recuperarse, esta vez acompañado de su amigo, el escritor venezolano Juan Vicente Camacho.

Quería que Lima fuera otra vez la Perla del Pacífico; abrigaba la idea de colocar al Perú en una posición relevante en el contexto mundial.

Agrupaba a acaudalados comerciantes, consignatarios del guano, industriales y hacendados, representantes de la naciente burguesía nacional.

Siendo así, sostenían que no era la voluntad popular ni la opinión pública quienes hacían tomar las decisiones al mandatario.

También se presentó como candidato el doctor Manuel Toribio Ureta, fiscal supremo, que postulaba como líder de los liberales.

[13]​ Pero fue la candidatura de Pardo, como líder del recién fundado Partido Civil, la que tomó fuerza en todo el país y en diversos grupos sociales.

Todavía muchos veían a los militares como los hombres más desinteresados y hechos para el mando.

Los civilistas consiguieron tener representantes en casi todos los departamentos, evitando así la tradicional y violenta toma de las mesas.

Llegó hasta Chilca, donde debía recogerlo un buque de la escuadra, pero al no aparecer este, tomó un bote de pescador y se hizo llevar a alta mar, donde finalmente lo recogió Miguel Grau en el monitor Huáscar, pasando luego a la fragata Independencia .

Se trasladó a Lima, donde ante una muchedumbre impresionante, pronunció un discurso que comenzaba exactamente con estas palabras:[21]​

Asimismo, buscó menguar el militarismo mediante la profesionalización y democratización de las fuerzas armadas.

Vivía en su casa particular y allí recibía en audiencia a cualquier ciudadano sin fijarse en la posición económica o social del que solicitara verlo.

[26]​ Pardo se propuso conseguir los recursos que requería la Hacienda de la siguiente manera: Las medidas tomadas no dieron los resultados esperados.

La política de solidaridad continental, que antaño auspiciara el presidente peruano Ramón Castilla, se hallaba en crisis.

Conveníase en que se solicitaría, en su oportunidad, la adhesión de los demás estados americanos a la alianza defensiva.

Un artículo adicional estatuía que el tratado se mantuviese secreto, mientras las partes contratantes no juzgasen necesaria su publicación.

El Ministro chileno en La Paz conoció su texto en 1874; activó negociaciones en consecuencia y aludió al mismo en una obra que publicó en Santiago en 1876.

Al final, el gobierno argentino optó por zanjar sus diferencias con Chile de manera diplomática.

Sin embargo, según sir Clements R. Markham, esto no podía constituir justo pretexto para la guerra.

Se trata solo de versiones orales, no habiendo ningún documento que lo confirme.

Fondeó primero en Pacasmayo pero eludió a la flota peruana y se dirigió al Sur, desembarcando en Ilo.

Se titulaba «El último día de César» y subtitulada «La historia es un espejo donde la humanidad halla consejo».

Si bien la intención de la caricatura era jocosa o festiva, terminó siendo considerada macabra y premonitoria.

Por macabra coincidencia, fue asesinado cuando ingresaba al recinto del Senado, tal como lo había vaticinado años antes la caricatura de La Mascarada.

A la entrada, la guardia del batallón Pichincha le presentó armas y Pardo hizo un gesto para que cesaran los honores.

Allí quedó exánime, pero a los pocos minutos quiso incorporarse y exclamó: «¿Quién me ha muerto?» «Un soldado», le contestaron.

[73]​ La muerte de Pardo provocó sorpresa, indignación, cólera y desesperación en todo el país.