En dicho cargo se desempeñó con solvencia y contribuyó en la defensa del Callao.

[2]​ Su carrera política empezó en 1854, cuando se sumó a la revolución liberal que estalló en Arequipa contra el gobierno de José Rufino Echenique.

[2]​ De vuelta en el Perú en 1859, fue apresado y encerrado en el Callao durante nueve meses, recuperando su libertad por intermediación del Congreso.

Pero regresó para unirse a la revolución nacionalista acaudillada por el coronel Mariano Ignacio Prado.

Ese gabinete, presidido por José Gálvez Egúsquiza, ha sido llamado por Basadre como el «de los talentos», pues todos sus integrantes eran destacados intelectuales.

Intercedió entonces el arzobispo Goyeneche ante el gobierno, que finalmente liberó a los sacerdotes y derogó los artículos pertinentes.

Elegido diputado por Camaná en 1867, renunció a la secretaría de Gobierno[14]​ y se incorporó al Congreso Constituyente.

Triunfante dicha revolución, Químper se retiró temporalmente de la política.

Químper asistió a la Cámara de Diputados el día 22 en sesión secreta y explicó la medida.

Sin embargo, lo tratado en la sesión fue divulgado y Químper llamado al Congreso para el día 24 de agosto.

El ministro acudió a la antesala; sin embargo, no se le hizo ingresar.

Al día siguiente, el ministro pretendió también concurrir a la sesión, pero la Cámara declaró innecesaria su presencia.

[18]​ En realidad, aunque intentó reanimar la maltrecha economía del país dictando medidas oportunas, sus esfuerzos se vieron anulados por la desorganización política.

La junta directiva del partido, además de Químper, estaba conformada por Juan Francisco Pazos, el general José Miguel Medina, Pedro Manuel Rodríguez, Dionisio Derteano, Carlos Lissón, Camilo Carrillo y Luis Felipe Villarán.

[23]​[4]​ Otra táctica fue promover el ausentismo de la minoría parlamentaria para evitar el quórum legal.

El gobierno cacerista se vio entonces obligado a vacar las diputaciones opositoras y solo así pudo lograr la aprobación del contrato (1889).