Ocasionalmente, el tono de azul que se presenta en la bandera se utiliza para mostrar preferencia sobre el tema del estatus político de Puerto Rico, con azul claro, utilizado presumiblemente por revolucionarios a favor de la independencia en 1868 y 1895, representando la independencia completa contra los Estados Unidos y el soberanismo o la independencia como un estado soberano y libremente asociado con los Estados Unidos, azul oscuro, utilizado por funcionarios desde 1952, representando la estadidad o la integración en los Estados Unidos como estado, y azul medio, más comúnmente utilizado por el gobierno y la gente desde la década de 1990, representando el estatus intermediario actual del ELA como un territorio no incorporado organizado de EE.
[22][23] Se hicieron varias banderas para la revuelta, pero solo dos han sobrevivido hasta el día de hoy.
La nueva bandera, que se usó hasta 1873, se parecía a la bandera de Lares, con la diferencia que tenía los colores españoles y el Escudo de Puerto Rico en el medio.
Siguiendo no solo a Betances, sino también a los héroes nacionales Martí y Ruís Rivera, quienes aprobaron la bandera, los líderes independentistas de Puerto Rico, incluidos Luis Muñoz Rivera, José De Diego y Pedro Albizu Campos, veneraron la bandera como un símbolo apreciado que representa el ideal de Patria y Libertad.
El origen del diseño es disputado entre los revolucionarios puertorriqueños exiliados Francisco Gonzalo Marín Shaw y Antonio Vélez Alvarado.
Según el académico, el origen del diseño de la bandera se remonta a junio de 1892, cuando Vélez Alvarado sufrió una momentánea "ilusión óptica... como por una "rara daltonía", en la que percibió que el triángulo rojo de la bandera cubana se había vuelto azul y las franjas azules rojas".
Inspirado en esta experiencia, Vélez Alvarado creó un nuevo diseño de bandera para Puerto Rico.
Unos días más tarde, según Dávila, Vélez Alvarado presentó su nuevo diseño al líder cubano independentista José Martí en una cena a la que asistieron revolucionarios y amigos.
Martí, dice Dávila, le dio su aprobación a Vélez Alvarado, y "pronto después" publicó en su periódico, Patria, "una crónica en la que describió emocionalmente" la noche.
[10][11] En “Memoria de los trabajos realizados por la Sección Puerto Rico del Partido Revolucionario Cubano, 1895-1998”, una crónica organizada por el Partido Revolucionario Cubano con un relato escrito por los miembros del Comité Revolucionario de Puerto Rico Robert H. Todd y José Julio Henna, la nueva bandera puertorriqueña se describe como la bandera cubana con colores invertidos: franjas blancas y rojas y un triángulo azul con una estrella blanca en el centro.
Sin embargo, según algunos historiadores, el comité proclamó que el triángulo azul representa el cielo y las aguas costeras, las tres franjas rojas la sangre de los valientes guerreros, las dos franjas blancas la victoria y la paz después de obtener la independencia y la estrella blanca la isla de Puerto Rico.
El oficial al mando coronel Juan César Cordero Dávila fue citado diciendo lo siguiente:[48][49]
[53] En varias ocasiones, la bandera se ha utilizado como símbolo de desafío, protesta o terror.
Los hombres sin sombrero y las mujeres deben saludar la bandera poniendo su mano derecha en el corazón.
• Si las condiciones climáticas lo permiten, la bandera debe izarse en o cerca de los edificios públicos durante los días laborables y en las actividades conmemorativas de los siguientes días festivos: Nota: El Viernes Santo no se considera un día festivo.
• Las banderas pueden ser izadas por instituciones privadas, siempre y cuando cumplan con las disposiciones de este título.
Esto también debe hacerse, pero en orden inverso, cuando la bandera se baje a los acordes del himno de Puerto Rico.
• La bandera no debe mostrarse sobre la cubierta del motor, ni sobre la capota, ni a los lados o la parte trasera de un vehículo, ya sea un automóvil, un tren o cualquier otro vehículo de transporte.
Esto es: Antigua y Barbuda, Argentina, Barbados, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Costa Rica, Cuba, Dominica, Ecuador, El Salvador, Estados Unidos, Granada, Guatemala, Haití, Honduras, Jamaica, México, Nicaragua, Panamá, Paraguay, Perú, República Dominicana, Santa Lucía, San Vicente y las Granadinas, Surinam, Trinidad-Tobago, Uruguay y Venezuela.
• Cuando la bandera se iza en la parte delantera de un edificio, ya sea en el alféizar de una ventana o balcón, el triángulo equilátero azul debe estar en la parte superior del asta a menos que la bandera se levante a media asta.
• La bandera debe mostrarse plana, ya sea vertical u horizontalmente, cayendo libremente y sin pliegues.
• Cuando se muestra en una calle, la bandera debe estar suspendida verticalmente con la base del triángulo equilátero azul hacia arriba.
• En la tribuna pública, la bandera nunca debe izarse con fines decorativos o para cubrir el estrado.
• Cuando se ize en una tribuna pública junto con la de los Estados Unidos, la bandera debe estar a la izquierda del orador y la bandera de los Estados Unidos a la derecha del orador.
• La bandera debe mostrarse en todas las ceremonias o paradas en las que participe la Guardia Nacional.
En este caso, la bandera de los Estados Unidos también se izará a media asta.
• Durante la ceremonia de izar o bajar la bandera, o cuando pasa en un desfile, todas las personas presentes deben ponerse de pie, mirar la bandera y permanecer así hasta que pase.
Los hombres sin sombrero y las mujeres saludarán a la bandera poniendo su mano derecha en el corazón.
• Sin ninguna razón se debe usar una bandera en un estado de deterioro, es decir, deshilachada o con colores descoloridos.
• También está prohibido usarlo como emblema o insignia en relación con elecciones primarias, elecciones de plebiscito, referéndum o cualquier otro tipo de consulta que se haga al pueblo por medios electorales.