[2] En este refugio se encuentra un bosque húmedo, conocido como los bosques de Pacoche y las montañas de Pacoche.
El área terrestre del refugio se caracteriza por tener afloramientos de suelo del Cretácico hasta el Reciente, constituido por las formaciones geológicas: San Mateo, Canoa, Tablazo y sedimentos cuaternarios o recientes.
Los materiales sedimentarios que predominan en la zona son las lutitas, limonitas, arcillas, areniscas, aluviales y coluviales.
[2] Los procesos erosivos y de corte moldearon la topografía del RVSMCP, que dieron origeno a mesetas de la formación Tablazo y La Canoa; la península de Manta o la terraza costera presenta un dirección este-oeste, desde el Cabo San Lorenzo hasta el Cerro Montecristi, la parte más alta denominada "El Domo" se extiende desde El Aromo (363 metros de altitud) hasta el cerro Montecristi (con 600 metros de altitud), en la parte norte, de la vertiente de la península presenta una pendiente bastante pronunciada, en la vertiente sur se caracteriza por laderas suaves y áreas planas cubiertas por sedimentos marinos del Plioceno.
[2] La franja litoral del RVSMCP corresponde a un clima de tipo tropical megatérmico árido a semiárido, que también se encuentra en la península de Santa Elena.