De acuerdo con la formación geológica sobre las que se asienta el bosque, los acuíferos son ricos en agua, debido a la característica misma de la formación y a la continua recarga que la vegetación del bosque proporciona ya que la humedad traída por las masas de aire es atrapada por el follaje de los árboles formándose garúas constantes especialmente.
Ecológicamente, San Lorenzo, Ligüiqui y Pacoche son parte de un ecosistema en el que existe flora endémica con restos arqueológicos de las culturas que en él se asentaron, las que se mezclan con áreas cada vez más intervenidas, pero que aún guardan las características del bosque pues se trata de acciones a escala artesanal y microescala por parte de los comuneros.
En el componente marino existen aguas costeras someras, arrecifes rocosos, playas arenosas, rocosas y mixtas.
Estos ecosistemas son habitados, o visitados, por varias especies consideradas, por la IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources por sus siglas en inglés) bajo riesgo de extinción, además de estar protegidas por la legislación nacional: En Peligro: la tortuga laúd[1] (Dermochelys coriacea), en la categoría Vulnerable: el caballito de mar del Pacífico, la tortuga marina golfina (Lepidochelys olivacea), la tortuga verde (Chelonia mydas), el lobo marino de dos pelos (Arctocephalus galapagoensis) y la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae).
Varias de estas especies habitan o utilizan los arrecifes rocosos y las playas aisladas que se encuentran entre el Cabo San Lorenzo y la punta Cangrejo en la población de Ligüiqui.