[8][16] En 1559 Juan de Guzmán regresó a España y le dejó sus encomiendas (principalmente Tecpán Izalco) a su hijo Diego de Guzmán, quién continuaría las mismas políticas de su padre y por ello se vería envuelto en varios juicios de los que salió airoso (excepto en 1585 cuando se le quitó la encomienda por dos años), por lo que continuó como encomendero hasta su fallecimiento en 1614 dejando dicha encomienda a su hijo Juan de Guzmán "El Mozo" quién la mantuvo hasta 1640 cuando falleció combatiendo contra piratas, pasando en ese momento la encomienda a tributar directamente a la Corona española.
[13] En ese mismo año Alonso de Paz sería sucedido por Pedro Salvatierra.
[26] Mestanza siguió desempeñándose en el puesto hasta 1589 cuando fue sucedido por Juan de Torres, quién ocupó por segunda vez el puesto, el cual el 13 de enero de 1593 presentó una petición a la real audiencia guatemalteca para que se le pagasen 976 tostones que se le debían del juicio de residencia que le realizó Mestanza en 1586.
[19] Posteriormente, junto con todos los demás portugueses que estaban en prisión en territorios españoles, sería liberado en 1605 debido al llamado Breve del perdón (que fue emitido gracias a la negociación entre el rey Felipe III con el papa Clemente VIII);[21][19] luego de ello, en 1609 se embarcaría en barco hacia La Habana y luego hacia España.
[19] El proceso de Marco Antonio da información sobre la actividad comercial y el tráfico mercantil que tenía la alcaldía mayor sonsonateca (a través del puerto de Acajutla) con Acapulco y El Callao (en Perú), y sobre los comerciantes judíos que vivían en las poblaciones de San Salvador y Sonsonate debido a la importancia de las tierras cacaoteras sonsonatecas.
[38] Finalmente, al regresar a Gran Bretaña, Basil Ringrose registraría todo lo acontecido en su viaje con Sharp en su libro "The Dangerous Voyage And Bold Assaults of Captain Bartholomew Sharp and Others" publicado en Londres en 1684,[39] asimismo los mapas y demás anotaciones cartográficas serían dadas al cartógrafo William Hack que con ello elaboraría mapas en acuarela.
John comandadas por los corsarios ingleses William Dampier y William Funnel -provenientes de la actual Guatemala- luego de bordear Punta Remedios anclaron en Acajutla, en donde (como grupo de exploración y avanzada, y con la finalidad de transmitir información al almirantazgo británico) recorrerían las tres leguas habidas entre Punta Remedios y el volcán de Izalco (que en ese entonces era solamente un ausol), en ese recorrido Funnel anotaría en su diario que divisó unas 4 o 5 parroquias con amplios paseos y jardines, que en esa área habitaban unas 500 familias españolas, que la principal mercancía de esa zona es el cacao, y que -aunque hay algunas de México y Puerto Caballos (en el Caribe)- el principal intercambio comercial es realizado con el Perú y Chile;[42] posteriormente el grupo de exploración volvería a las embarcaciones y navegarían hacia la Alcaldía mayor de San Salvador para luego seguir su camino hacia Suramérica, ambos corsarios llegarían a Inglaterra en 1706; Funnel escribiría todas sus observaciones en el libro "A Voyage Round the World, Containing an Account of Captain Dampier's Expedition into the South Seas in the Ship St George in the Years 1703 and 1704" publicado en Londres en el año de 1707.
Para tal efecto, en noviembre en el ayuntamiento de Sonsonate (presidido por los alcaldes ordinarios Eugenio Rascón y Manuel de Ipiña), se realizó el sorteo entre Alejandro Ramírez, José Cecilio del Valle, y Bernardo Martínez, que ganaría Alejandro Ramírez; quien pasaría al sorteo definitivo en Guatemala, donde ganaría, pero después renunciaría.
[6][7] En 1812, se implantó la monarquía constitucional con la emisión de la primera constitución española (la constitución de Cádiz), la que incluía que todas las personas nacidas en los dominios españoles (incluidos indígenas y mestizos) serían considerados ciudadanos, y que todas las poblaciones con más de 1000 habitantes se constituirían en municipios con su propio cabildo.
[17][6] En 1814, el monarca español Fernando VII restauró el absolutismo, con lo que la Alcaldía Mayor de Sonsonate volvería a la situación anterior a 1812, en ese momento seguía siendo alcalde mayor Mariano Bujons, quién seguiría desempeñando el cargo hasta 1818 siendo sucedido por José Manuel Nájera y Bátres.
[17][6] Con el restablecimiento de la constitución también se volvieron a establecer los ayuntamientos constitucionales.
Para agosto de 1820, según información dada en diciembre de ese año por el jefe político y alcalde mayor Nájera, se habían establecido dichos ayuntamientos en: Sonsonate, Asunción Izalco, Dolores Izalco, Guaymoco, Caluco, Nahuizalco, Salcoatitán, Apaneca, Ataco, Tacuba, Ahuachapán, Atiquizaya, San Pedro Puxtla, Juayúa, y Guaymango; siendo estos los mismos en los que ya se habían establecido en 1812.
[6] Pero no se instalaron ayuntamientos en Sonzacate, Mexicanos (actualmente barrio de Sonsonate), San Antonio del Monte, Santo Domingo de Guzmán, Nahuilingo, Santa Catarina Masahuat, y Jujutla; debido a impedirlo sus habitantes.
[7] En noviembre, el ayuntamiento sonsonateco decretaría la anexión a México, lo que provocó una gran agitación ya que el alcaldía mayor pedía que los soldados y el resto de la población aceptasen tal decreto; debido a ello, se enviaron tropas desde Guatemala y de la villa de Santa Ana para pacificar el territorio, lo cual se logró y Padilla sería destituido y reemplazado en diciembre de ese año por Juan Fermín Aycinena.
Sin embargo, cuando este contingente llegó a la capital guatemalteca el problema ya había sido resuelto; un mes después este contingente decidió volver a la provincia de San Salvador atravesando la alcaldía mayor sonsonateca, en donde forzaron a las autoridades sonsonatecas unirse a la provincia de San Salvador, además de ello Pedro José Arce se convirtió en alcalde mayor.
[58][59] En caso de que el puesto estuviese vacante (es decir vacío, ya sea porque había concluido el período de un alcalde mayor y no había llegado su sucesor, o porque el alcalde mayor en turno había renunciado al cargo o fallecido, o que hubiese sido destituido y enviado a juicio por problemas en su administración) la real audiencia nombraba a una persona de sexo masculino para que se hiciese cargo del gobierno, por lo general tales nombramientos eran de un año o hasta que llegase el sucesor nombrado por el rey; estos son mencionados en los documentos con el título de justicia mayor, ya que el título de alcalde mayor solo podía darlo el rey;[58] debido a que ambos títulos son sinónimos en este artículo a estos funcionarios se los menciona como alcaldes mayores (mencionando claramente que son interinos o nombrados por la real audiencia).
[6] Para ser miembro del ayuntamiento o cabildo se requería: ser español (peninsular o criollo); saber leer y escribir; estar avecindados en la población; además de que se tendrían en cuenta a los descendientes de los descubridores, conquistadores y primeros pobladores; y no podían ocupar algún cargo aquellos que tuviesen deuda con la hacienda Real.
[6] En un principio, los demás miembros del ayuntamiento (que no fuesen los alcaldes) eran designados por el cabildo anterior.
[6] El ayuntamiento proponía las medidas económicas en pleno, y eran los regidores los encargados de implementarlas.
[6] También se le permitiría a los pueblos indígenas contar con su propio cabildo, que ejercía durante un año y cuyos miembros estarían exentos de tributo durante el año que oficiaban.
El cabildo estaba conformado por un alcalde (cuando en la población había más de 80 casas se nombraba a dos alcaldes), de 2 a 4 regidores, 2 alguaciles (uno mayor y uno menor) y un escribano.
Aunque generalmente estaban compuestos por personas de las familias distinguidas, también podían ser conformado por los tributarios.
De hecho, se exigió que los miembros del cabildo tuvieran aplicación a la agricultura e industria.
Como se dijo anteriormente, aquel ubicado en Sonsonate era presidido por el alcalde mayor como jefe político subalterno.
Los miembros del ayuntamiento no podían volver a ejercer un cargo en este hasta pasado 2 años.
[6] En la asamblea que decretó la independencia absoluta de Centroamérica estuvieron como diputados Isidro Menéndez, Felipe Vega y Pedro Campa Arpa; mientras que en el congreso constituyente que decretó la unión con la provincia de San Salvador en el estado del Salvador, estuvieron: Manuel Romero, Mariano Fagoaga y Pablo María Sagastume.
Además de ello, el diputado, podía pertenecer al estado seglar o eclesiástico regular.
[71][72][67][73] En el caso de los ayuntamientos constitucionales, la elección era en principio similar, con la diferencia en que eran los ciudadanos (en la junta parroquial) quienes elegían a los electores parroquiales, ya sea escribiendo su nombre en cédulas o papeles, o acercándose a la mesa de la junta para decirle al secretario a quienes apoyaban (anotándolos el secretario en presencia del votante).
Otras poblaciones se extinguieron, este es el caso de Mopicalco, Acatepeque, Cozalchiname, Mascote y Miaguatlán.
[79] En la segunda mitad del siglo XVI y principios del siglo XVII, se empezaron a construir parroquias en los pueblos que no estaban bajo de alguno de los conventos de las órdenes religiosas, con lo que se conformaron curatos compuestos por una cabecera (donde estaba la parroquia central) y varios pueblos anexos; a mediados del siglo XVIII se empezaron a suprimir las doctrinas que tenían las órdenes religiosas, siendo sustituidas tales doctrinas por el clero diocesano (párrocos y vicarios) por lo que los pueblos bajo la administración de los conventos pasan a conformar curatos normales compuesto por una cabecera y varios pueblos anexos; tras esto los curatos pasan a reunirse en varias provincias eclesiales.