Este proyecto iba a ser parte del gran proyecto nacional del Ferrocarril Interoceánico que iba a conectar Puerto Barrios con Iztapa y servir como canal seco en una época en que todavía no existía el Canal de Panamá.

Estos nombres podrían significar: "río de sal" de Itzal; apán, río o lugar, por las salinas que hay en las orillas del río María Linda; palabras que se atribuyen al idioma náhuatl de los indígenas mexicanos que vinieron con los conquistadores españoles.

En las ensenadas del río, el conquistador Pedro de Alvarado construyó seis barcos para ir junto a Francisco Pizarro a la conquista del Perú; en 1534 zarparon los barcos y en Perú se hicieron dueños de grandes territorios y ricas minas de minerales preciosos.

[9]​ El río Michatoya fue dragado para que tuviera una profundidad adecuada para permitir el tráfico de vapores de mayor calado y para impedir que el río volviera a rellenarse con los depósitos que se formaban durante la estación lluviosa se planificó construir un desvío aguas arriba para modificar su desembocadura.

[4]​ El puerto tenía fuerte oposición: por un lado, la empresa Marítima Nacional se oponía a la construcción en Iztapa porque eso equivalía a perder el monopolio que hasta entonces disfrutaba en el Puerto San José y que le representaba el dos por ciento del valor de la carga desembarcada; por otro lado, los comerciantes y cambistas de oro se oponían y declaraban imposible la construcción del puerto en Iztapa porque dicha construcción significaba una considerable mejoría para la capacidad comercial del país, que dejaría de realizar préstamos a intereses muy elevados.

Las consecuencias fueron nefastas: para la construcción se habían sustraído de la circulación millones de pesos guatemaltecos que ahora hacían falta para el comercio nacional y la situación llegó a un punto en que no había dinero, ni ferrocarril interoceánico —pues este quedó incompleto—.

La situación fiscal y económica de Guatemala para entonces era tan difícil, que no tenía precedentes en la historia del país a pesar de que éste ya había atravesado calamidades debido a guerras y desastres naturales.

[cita requerida] Sus playas son amplias y sin mayores edificaciones comerciales.

Iztapa es el lugar donde creció hasta los 15 años de edad Juan P. Revolorio —alias «El Caminador»— quien desde 2007 lleva recorriendo cien kilómetros en diecinueve horas una vez por año, y los fondos recaudados son donados a instituciones o fundaciones.