[1]​ Conforme los autos de visita de monseñor Pedro Cortés y Larraz, en 1770 era Zapotán pueblo anejo del curato de Guaymoco (hoy Armenia) y su población estaba representada por 167 personas distribuidas en 26 familias.

"Pueblo de indios" lo llamaba en 1807 el corregidor intendente don Antonio Gutiérrez y Ulloa.

"Hay una escuela de primeras letras -dice ese documento y tiene doce niños, tres escribiendo, y su preceptor pagado por los fondos municipales.

La población tiene ochenta casas, todas pajizas y no hay ninguna de particular que pueda llamar la atención".

Su nombra honra a Santa Isabel, santa de la iglesia católica, y Ishuatán por la palabra de «Isguatlán» que proviene del náhuatl, teniendo por significado «Lugar de Hojas».