Obtuvo un doctorado en España a los 29 años, y posteriormente fue ordenado sacerdote.
Trasladado al continente americano, fue consagrado por Francisco Fabián Fuero en Puebla de los Ángeles.
[1] Para 1769, Cortés y Larraz estaba tan decepcionado de la situación eclesiástica en el reino que presentó su renuncia a la mitra, pero el rey Carlos III no se la aceptó y debió continuar como arzobispo.
La ciudad era abastecida gracias a los productos que diariamente eran llevados desde los setenta y dos pueblos circunvecinos.
En cuanto a suntuosidad, le seguían las iglesias de las órdenes religiosas de los dominicos, franciscanos, mercedarios y recoletos,[4] demostrando el poder económico y político que el clero regular tenía en ese entonces;[9] En estos templos todas las paredes estaban cubiertas de retablos tallados y dorados, espejos y pinturas ricamente guarnecidas e imágenes religiosas talladas esmeradamente;[4] en el techo había rejas de madera dorada o esmaltada que cubría los cruceros y bóvedas principales.
[12] Para combatir la peste, Mayorga, Cortés y Larraz, los miembros del Ayuntamiento y el puñado de médicos que había en la ciudad —entre ellos José Felipe Flores, que acababa de recibirse de Bachiller en Medicina— unieron esfuerzos y colaboraron tan armoniosamente como pudieron.
[14] Esta junta surgió porque originalmente los miembros del Ayuntamiento habían requirido los servicios del doctor Ávalos y Porres, entonces catedrático de Prima de Medicina, para que elaborara un plan para contrarrestar los efectos del tifo;[13] una vez elaborado el plan por el octogenario médico, fue revisado por otros doctores de la ciudad y finalmente enviado a Mayorga, quien no lo aprobó por considerarlo muy precipitado y poco prudente.
[16] Se produjeron grandes pérdidas en templos y edificios públicos, así como casas particulares, pero no toda la ciudad quedó por los suelos.
[17] Cortés y Larraz se opuso rotundamente al traslado, pues comprendía que el mismo dejaría a la Iglesia Católica en una posición debilitada frente a las autoridades reales: la iglesia estaba por el momento sin conventos ni templos —para cuya construcción no tenía dinero el arzobispo— y sin imágenes veneradas aparte de que la población no estaba en condiciones de aportar su diezmo obligatorio.
[21] Tras parar en San Lucas Sacatepéquez y en Mixco, las imágenes llegaron finalmente a la Nueva Guatemala de la Asunción por la noche, y el Cristo fue recibido por los frailes franciscanos y luego por los mercedarios, para ser depositado en una armazón de madera en el terreno en donde iba a construir el templo mercedario de la nueva ciudad.