[9] Su principal preocupación al llegar a su destino fue mejorar las defensas del territorio, amenazado por los británicos, con los que había estallado la guerra el 16 de junio de 1779.[12] Instaló una ceca (casa de la Moneda) y trabajó en la construcción la nueva Catedral Metropolitana, la cual dejó ya con las paredes elevadas cuando terminó su gestión.[17] Una vez perdido el castillo, no obstante, Gálvez se apresuró a reunir las tropas acantonadas en Amatitlán, Sacatepéquez, Olancho, Tegucigalpa, Santa Ana, Comayagua, San Salvador y Nueva Segovia, se trasladó a la costa norte de Honduras y cercó el fuerte el 26 de noviembre;[18] logró reconquistar la fortaleza el 5 de enero de 1781,[19] y expulsar a los ingleses del río San Juan (en noviembre del 1779)[19] y del lago Cocibolca.[14] En su nuevo cargo tuvo numerosas disputas con la Audiencia, que la Corona en general falló en su contra.[25] El cambio de clima afectó su salud grandemente, provocándole fuertes dolores; esto lo obligó a delegar el mando en la Real Audiencia y retirarse del servicio.[14] Mayor ya cuando asumió el cargo de virrey, la gota llegó a paralizarle los brazos e impedirle incluso firmar.