Desde 1625 la abadía ha sido miembro de la Congregación Austríaca, actualmente incluida en la Confederación Benedictina.

La Abadía de Melk consiguió su impresionante aspecto barroco actual entre 1702 y 1736, tras la reforma dirigida por el arquitecto Jakob Prandtauer.

Debido a su fama y nivel académico, Melk consiguió escapar a la disolución bajo José II, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, mientras que muchas otras abadías austríacas fueron confiscadas y disueltas entre 1780 y 1790.

La abadía logró sobrevivir otras amenazas a su existencia durante las Guerras Napoleónicas, e incluso en el periodo siguiente al Anschluss, la anexión nazi de Austria en 1938.

Pueden observarse las torres barrocas gemelas y el gran domo de la iglesia tras ellas.