Sin embargo, dicho decreto agravaría más los problemas, ya que según la Constitución Federal era el Senado quien tenía la atribución de convocar a elecciones.

Los gobiernos de los Estados antedichos apoyaron esta medida; llegando a reunirse hasta 12 diputados en Ahuachapán, pero nunca fueron los suficientes como para formar el congreso.

A la mañana siguiente, la caballería federal ocupó esa ciudad y poco después llegaría el presidente Arce.

Pará comunicar tal disposición al gobierno salvadoreño, el presidente designaría a Juan de Dios Mayorga.

Más adelante, el 15 de ese mes, atacaría a las tropas del general Rafael Merino, que estaban estacionadas en Aculhuaca (hoy parte de Ciudad Delgado); las tropas federales se apoderarían e incendiarían esa población, y causarían varios abusos a la población civil.

Teniendo como secretario o ministro general sucesivamente a: Pedro Molina, José Félix Quirós, y Manuel Barberena.

Con ello acabaría la guerra civil e iniciaría el período de la restauración y que se restablecieron las autoridades disueltas en 1826.

El presbítero Delgado, si bien acataría dichas medidas, se pondría desde ese momento en oposición al gobierno de Cornejo.

[166]​[58]​ El congreso estatal, por moción de la diputados Antonio José Cañas y José Antonio Ximénez, ordenaría al jefe Cornejo que promueva la reforma a la Constitución Federal, ya que dejaba a los Estados sin rentas y tenía varias deficiencias políticas.

[171]​ El jefe guatemalteco Gálvez enviaría al coronel Nicolás Espinoza como comisionado para buscar que se realizasen negociaciones entre Morazán y Cornejo.

[174]​[175]​ Comisionados guatemaltecos y salvadoreños se reunirían en Ahuachapán para intentar encontrar una salida pacífica al conflicto, pero sería infructuoso.

[176]​ El gobierno estatal de Nicaragua declararía ilegítimas a las autoridades salvadoreñas y nulas sus disposiciones; mientras que en Guatemala, fuerzas al mando del general Carlos Salazar Castro (y luego por el general Juan Prem) se movilizan hacia la frontera salvadoreña del lado de Santa Ana.

[199]​ San Martín tendría varios opositores porque se consideraba que Prado había sido obligado por un motín para dejar el cargo.

Ante eso, el vicejefe San Martín enviaría al licenciado Miguel Montoya como nuevo jefe político, pero este sería derrotado por Benítez en La Puerta (camino de Usulután).

Dichas se movería vía Tepezontes; y el 23 de ese mes atacarían San Salvador, donde las tropas federales resistirían durante 5 horas, hasta que lograron dispersar a las tropas salvadoreñas luego de herir al teniente coronel Castillo, quien luego sería asesinado por el capitán Saravia.

[232]​ El 13 de febrero, la asamblea federal, presidida por Juan Barrundia, dictaría las reformas a la Constitución, las cuales debían ser sancionadas por los congresos estatales.

Mientras que Espinoza, según el ministro Álvarez, reclutaba gente, almacenaba municiones, arreglaba armas y prodigaba amenazas.

[250]​[251]​ En febrero se tuvo noticias de la aparición del cólera morbus en Omoa (Honduras); por lo que el congreso estatal decretaría, el 22 de ese mes, dándole facultades especiales al gobierno del Estado para que adoptase todas las medidas necesarias para impedir dicha epidemia.

Más adelante, el 15 de julio, un movimiento revolucionario sería detenido en Santa Ana por las tropas federales del general Carlos Salazar.

El 3 de marzo, decretaría que los derechos por dispensas matrimoniales fuesen pagados en la vicaría salvadoreña y no en Guatemala.

Entonces Morazán movilizaría sus tropas hacia Chiquimula; donde fuerzas al mando del coronel José Antonio Carballo derrotarían a Carrera, en una acción que tuvo en total 118 fallecidos, 15 heridos y muchos prisioneros.

Ante esto, la asamblea federal buscaría detener el desmembramiento de la República y complacer a los Estados dictando algunas reformas constitucionales.

[275]​ Carrera le daría armas a Francisco Ignacio Rascón para que levantase una insurrección en el departamento de Sonsonate.

[288]​[289]​ Las fuerzas del general Ferrera, que para ese momento con soldados hondureño y nicaragüenses eran en total 1600 hombres, ocuparían San Miguel el 10 de agosto.

[291]​ El jefe Morazán enviaría al general Trinidad Cabañas a Honduras con una división de 300 soldados que luego sería engrosado por hondureños.

De los otros Estados, solamente Guatemala tenía toda su delegación completa; mientras que las delegaciones de Nicaragua y Costa Rica no estuvieron presentes del todo debido a la guerra entre El Salvador y Honduras (que estaba representado únicamente por el licenciado Juan Lindo).

Al conocer esta noticia, Quetzaltenango se levantaría contra el estado guatemalteco y fimaría un acta de independencia.

Como primera disposición, la municipalidad se encargaría de llamar al consejero coronel Antonio José Cañas para que asumiese la jefatura estatal.

Así, el 10 de diciembre sucedería una asonada en Santiago Nonualco liderada por Petronilo Castro, que sería rápidamente controlada por las autoridades.

Aun así las municipalidades continuarían teniendo cuotas importantes de poder local que constantemente se traducían en autonomías administrativas con respecto al gobierno estatal.