En 1770, San Salvador elevó al rey Carlos III de España la solicitud para crear un obispado católico y una institución educativa en su respectivo territorio.

Con este método educativo desarrollado por Joseph Lancaster y Andrew Bell en el Reino Unido, los alumnos más aventajados, con la supervisión de un maestro, darían instrucción a los principiantes.

La instrucción era rudimentaria y se enseñaba cualquier cosa porque no había un plan definido para la educación nacional.

En 1836, Antonio José Cañas, Narciso Monterrey y Francisco Dueñas se pronunciaron públicamente en este sentido sin obtener ningún resultado favorable.

[55]​ En sus primeros años, la UES tuvo una existencia precaria por el exiguo apoyo económico que recibía por parte del Estado.

[67]​[68]​ La UES, entre tanto, tenía reservado su espacio en este mismo local, en cuya fachada principal se leía la inscripción "El General de la Universidad".

[75]​ Pero la alma mater tendría que esperar hasta 1847 para iniciar la vida universitaria propiamente dicha cuando recibió a los primeros 23 bachilleres graduados en 1846 en el Colegio de la Asunción.

Los estudiantes eran sometidos a un severo régimen disciplinario y tenían prohibida toda lectura que no estuviera preparada de antemano.

Pero Francisco Dueñas, aunque era de tendencia conservadora, mantuvo en su mayor parte la obra hecha en la UES por su predecesor Gerardo Barrios.

[154]​ Aparte de ello, otras fuentes afirman contradictoriamente que hacia 1888, durante el gobierno del presidente Francisco Menéndez, fue creada la revista La Universidad,[156]​ bien como la primera publicación de este género hecha en la UES,[157]​[158]​ o en su caso, para sustituir a otra revista denominada "La Universidad Nacional", la cual había sido fundada en 1875.

Por estos años se llevó a cabo la celebración de concursos literarios, científicos, históricos y artísticos.

[222]​ En 1927, durante el gobierno del presidente Pío Romero Bosque, fue creada la Asociación General de Estudiantes Universitarios Salvadoreños (AGEUS).

[238]​ En abril de 1936 el gobierno del presidente Maximiliano Hernández Martínez ordenó buscar y comprar un terreno para construir una Ciudad Universitaria.

Esta reforma universitaria se hizo con el objetivo de incorporar a la UES al desarrollo nacional.

[360]​ La UES se convirtió en la Vía Olímpica Centroamericana, dejando como legado una moderna infraestructura y un complejo deportivo que ninguna otra universidad salvadoreña posee.

[373]​[374]​[375]​[376]​ Posteriormente el propio presidente Elías Antonio Saca se retractó de haber hecho ese señalamiento.

[380]​ Durante la gestión del rector Rufino Quezada (2007-2011) reaparece la revista "La Universidad",[151]​ cuya publicación había sido suspendida en 1996.

La AGU, por su parte, accedió enviar el caso a estudio ante la Fiscalía General Universitaria, pero la elección del nuevo rector de la UES seguía entrampada.

La Universidad de El Salvador cuenta con nueve facultades en la Ciudad Universitaria y tres más a nivel nacional.

Con una oferta educativa significativamente superior a la de cualquier otra universidad en el país, la UES lidera en diversidad y alcance académico.

Las carreras se agrupan por facultades, facilitando el acceso a diversas disciplinas y áreas del conocimiento.

Aunque la universidad ofrece distintas modalidades de ingreso, estas no garantizan un cupo para todos los aspirantes.

[479]​ En promedio, la UES ofrece entre 10,000 y 12,000 cupos anuales, una cifra limitada por la capacidad de la institución para absorber a nuevos estudiantes.

Esta restricción ha generado preocupación, ya que muchas personas quedan fuera del sistema educativo superior público.

Por ejemplo, en 2022 participaron 3,000 bachilleres menos que en 2021, reflejando un posible cambio en las dinámicas de demanda educativa en el país.

Las demás universidades evaluadas incluyen tanto instituciones públicas como privadas, lo que resalta la competitividad de la UES dentro del sistema educativo salvadoreño.

Siendo la única universidad pública del país con rango constitucional, el desafío de mejorar y mantener su imagen institucional es aún más significativo.

Su compromiso con el desarrollo social y su impacto positivo en diversas comunidades han sido valorados tanto a nivel nacional como internacional.

[521]​ El rector de la UES, Juan Rosa Quintanilla, ha señalado que la universidad necesita una solución urgente y sostenible para enfrentar esta crisis.

Algunos sectores dentro de la universidad han expresado que el gobierno debería ser más transparente y cumplir con sus compromisos financieros.