Contrajo nupcias con Concepción Monteagudo, con quien tuvo nueve hijos: Alberto, Carmen, Esperanza, Marina, Eduardo, Rosa, Gloria, Maximiliano y Luis.

[12]​ A sus costumbres teosóficas se agregaban su vegetarianismo, la obsesión por las ciencias ocultas y su afición por el estudio de la reencarnación.

Los militares fueron incitados principalmente por incumplimiento salarial del ejecutivo y por las condiciones poco favorables para el ejercicio de su labor.

[20]​ En poco tiempo, bajo las órdenes presidenciales, el ejército salvadoreño sofocó la revuelta y se instauró un estado de sitio.

Además, los cerdos y otros animales desenterraron los cuerpos y se alimentaron de los mismos, lo cual trajo una reacción gubernamental inmediata, puesto que repercutía en la economía al contaminar a los animales de corral.

[22]​ Una vez sofocada la insurrección, el presidente se negó a recibir ayuda militar extranjera, refiriendo un telegrama al almirante de los buques de guerra que Estados Unidos y Reino Unido habían enviado.

[29]​[30]​ Sin embargo, siempre prefirió estar cercano a la protección militar, por lo cual trasladó el despacho presidencial y su residencia familiar a la entonces Escuela Normal de Varones, junto al Cuartel El Zapote.

[cita requerida] Promovió el crecimiento económico basado en la expansión de las grandes haciendas cafetaleras, beneficiando así a los terratenientes e iniciando vínculos entre los militares y la oligarquía.

Las primeras en la gran finanza y en el caso de mejoramiento social, lotificando algunas haciendas para asentar a familias campesinas.

Se construyeron carreteras en todo el país (la carretera panamericana) y el estadio nacional de la Flor Blanca (hoy Estadio Jorge “Mágico” González) donde en aquella época se celebraron los III Juegos Centroamericanos y del Caribe.

Pese a dicha iniciativa, igualmente adquirió préstamos para la construcción de la Carretera Panamericana.

Martínez rechazó categóricamente un sistema educativo general; Su actitud ante la vida estuvo marcada por la superstición, el ocultismo y la creencia en la reencarnación.

Este acuerdo dio lugar al mito de una Liga de Dictadores Centroamericanos, que pareció ganar mayor credibilidad cuando tanto Guatemala como El Salvador se convirtieron en los primeros gobiernos en reconocer el nuevo régimen español del generalísimo Francisco Franco en España.

De hecho, sin embargo, no hubo un acuerdo formal y ciertamente ningún vínculo con las potencias del Eje.

Más bien, los respectivos presidentes militares centroamericanos simplemente adoptaron una política de no intervención mutua.

[47]​ [41]​ [47]​[45]​ Martínez se ganó la reputación de ser un médico brujo por vender remedios que supuestamente curaban varias condiciones y circunstancias.

En 1938, Eberhardt Bohnstedt se convirtió en director de las Escuelas Militares Capitán general Gerardo Barrios.

Durante la Segunda Guerra Mundial, la cooperación con Alemania e Italia amenazó las buenas relaciones con Estados Unidos.

Eso le permitió a Hernández Martínez realizar algunas reformas sociales y una ligera redistribución de la tierra mediante un programa agrario.

[5]​ El general se sentía muy atraído por los éxitos de los gobiernos fascistas europeos, en especial por Hitler y Mussolini.

[15]​[8]​ Además, dio el reconocimiento diplomático al Estado títere de Manchukuo, y removió del cargo a sus funcionarios que tenían ascendencia alemana e italiana.

[8]​ Asimismo, a los residentes alemanes e italianos en El Salvador les expropió sus tierras y los envió a los campos de concentración estadounidenses, lo que valió para obtener el apoyo diplomático de Estados Unidos.

[5]​ Ese cambio en su política exterior, al igual que la represión contra los comunistas y opositores a su gobierno, le permitió obtener mayor apoyo de Estados Unidos.

Estados Unidos colocó tropas en los países cercanos al Canal, excepto en El Salvador, dada la negativa presidencial.

Sin embargo, la principal crítica que se le hace a su gobierno es el uso excesivo de la fuerza.

[22]​[55]​ Dado que Hernández Martínez tenía pretensiones de extender su mandato más allá de 1944, los militares se alzaron contra el gobernante, quien logró vencer el movimiento rebelde y mandó a fusilar a los oficiales opositores que estaban implicados en la revuelta.

[4]​[10]​ La sociedad civil, liderada por el intelectual Joaquín Castro Canizales, quien había colaborado con Hernández Martínez en 1931, se declaró en huelga paulatinamente.

[58]​ Durante la huelga de brazos caídos no hubo producción alguna, por lo cual la presión nacional e internacional creció hasta el punto de obligar al presidente a deponer su cargo, depositándolo en Andrés Ignacio Menéndez.

Los salvadoreños de origen indígena nativo americano son conocidos como Cōzcatlān o hispanizados como Cuzcatlán.

La vida política en El Salvador cambió ese día de 1932 en lo que se conoce como "La Matanza".