En 1931 los diputados del soberano Congreso Nacional determinaron la necesidad de que la nación tuviera una fuerza aérea para la vigilancia y defensa del espacio aéreo hondureño, con el objetivo de satisfacer esta necesidad se promulgó el Decreto N. 198 y bajo la administración del doctor Vicente Mejía Colindres es que es creada oficialmente la Escuela Nacional de Aviación, con su respectivo reglamento.
Luego del ataque a Pearl Harbour, en diciembre de 1941, y apoyando al gobierno de los Estados Unidos, Honduras declara la guerra al Imperio de Japón y pocos días después a la Alemania nazi e Italia, durante el conflicto la FAH se dedicó al patrullaje antisubmarino en las aguas del mar Caribe y cercanías al golfo de México desde 1942, utilizando para ello los aparatos tipo North American NA-16 y los Boeing 40 modificados para lanzar bombas.
[5] En mayo de 1957 comenzaron a suscitarse pequeños enfrentamientos bélicos entre Honduras y Nicaragua por el territorio en litigio conocido como la Mosquitia en donde se estrenaron los nuevos aviones hondureños "Corsair", desempeñando un papel importante en dicho conflicto de pequeña duración y casi sin víctimas fatales.
Al año siguiente, en 1959 se adquirieron 4 avionetas Cessna 180 que en la actualidad uno de ellos aún continua en servicio en la FAH.
El año 1962 la FAH adquirió 6 avionetas Cessna 185 "Skywagon" de los cuales hasta la actualidad solamente una nomás sigue volando.
Después de 23 años, estas aeronaves serían retiradas del servicio aéreo en 1988.
Una vez terminada la Guerra del Fútbol, cabe recordar que posteriormente Honduras y El Salvador siguieron manteniendo una fuerte tensión bélica armamentística durante toda la década de 1970 al continuar equipando y modernizando cada vez más a sus respectivas fuerzas militares en el ámbito terrestre, aéreo y naval, ya que si bien el cese al fuego había terminado en 1969 después de un acuerdo entre ambas naciones pues aún todavía no existía una paz definitiva.
Hasta la actualidad aún siguen volando en la Fuerza Aérea Hondureña y el año 2020 cumplieron 45 años de servicio.
Entre los años 2008 y 2012, la Fuerza Aérea Hondureña recibe ocho aviones tipo Maule M-7, que son utilizadas en entrenamiento básico de pilotos.
La FAH opera desde bases ubicadas en Tegucigalpa, Comayagua,[11] San Pedro Sula, y La Ceiba.
Conocida como "Base Aérea Palmerola", está localizada en el departamento de Comayagua.
Fue desde estas instalaciones desde donde se efectuaron centenares de vuelos llevando consigo toda la ayuda.
La base fue creada mediante Acuerdo N.º 00297, es la segunda unidad de aviación militar que se instaló en Honduras en el año 1969.
Está ubicada en La Lima, Cortés y surgió a la luz pública con el nombre de Comando Norte, el que más tarde se volvería legendario por ser cuna de hechos y acontecimientos históricos.
Los aviones Chance Vought F4U Corsair, North American T-28 Trojan y Lockheed T-33 Shooting Star fueron las primeras aeronaves con las que inicio operaciones este componente estratégico.
Actualmente está equipada con una flota de aviones Cessna A-37 Dragonfly, con los cuales ésta fuerza combate al narcotráfico, interceptando aeronaves que usan el espacio aéreo como vía de tránsito.