Se tiene conocimiento que durante la presidencia constitucional del General brigadier José Santos Guardiola se intentó organizar una fuerza naval, pero debido al factor económico no se llevó a cabo, el gobierno adquirió algunas naves pero sin fines militares.
En 1860, en la misma administración de Guardiola, este dio la orden de movilizar 400 hombres del ejército y 220 más trasladados en la goleta “Correo Nacional” de la marina hondureña y custodiada por el cañonero británico “Icarus” comandada por el almirante sir Nowell Salmon, con el fin de repeler la nueva invasión del filibustero William Walker que se había reforzado en Nueva Orleans.
Seguidamente durante la presidencia del general Manuel Bonilla Chirinos, se encarga la construcción de un vapor más moderno para la marina, el “Hornet” (Avispón en inglés).
Más tarde, en la dictadura republicana del Doctor y General don Tiburcio Carias Andino se ordenó la construcción de nuevos vapores actualizados y requeridos para el siglo XX, el “Búfalo”, el "Zambrano" (1934), el “Tigre” (1940), el "General Carias" (1946) y el "General Cabañas" (1948).
Honduras mantenía buenas relaciones diplomáticas con Alemania desde finales del siglo XIX y a causa de eso, ciudadanos alemanes fundaron en territorio hondureño -bajo la Ley de Migración- empresas, ingenios azucareros y haciendas cafetaleras.
Cuando estalló la Segunda Guerra Mundial, muchos jóvenes germano-hondureños marcharon hacia Europa para luchar por Alemania y a la vez varios submarinos UBoat alemanes atracaban en las costas hondureñas para aprovisionarse de alimentos.
Carias Andino, se unió a los Aliados y envió oficiales pilotos, soldados y marinos a la Segunda Guerra Mundial.
En el año 2013 se adquirieron dos naves Damen Stan 4207 matriculados FNH 1401 y 1402 entregados uno en septiembre y otro en noviembre de ese año, con esto la naval hondureña se convierte en la más modernizada de la región.
Ocean Patrol Vessel Sa'ar 62 1 x Rafael Typhoon RCWS - Calibre 30mm Cañones Laterales 2 x Rafael Mini-Typhoon RCWS - Calibre 12.7mm 140 ft Países Bajos Países Bajos
Patrol Boats 1 x Calibre 12.7mm 105 ft Estados Unidos
BAL-C Short Range Logistic Support Ship 149 ft Estados Unidos
LCM-8 Landing Craft Unit Steadicopter Aeronautics Defense Systems Ltd Desde el año 2005 las Fuerzas Navales del continente americano, realizan los ejercicios conjuntos multinacionales “Panamax 2006” con el fin de salvaguardar el Canal de Panamá y costas territoriales contra el narcotráfico.