En 1831 se fundó la primera Escuela Militar en el Cuartel San Francisco, un antiguo convento.

Luego, en 1949, el presidente Carías Andino reorganizó la Escuela de Cabos y Sargentos ya la doctrina militar que se utilizaba en las fuerzas armadas era la estadounidense y no la prusiana.

Para 1952 la escuela militar pasó a ser la Escuela Militar Francisco Morazán, siendo presidente Juan Manuel Gálvez y en 1959 está se llama como Academia Militar de Honduras General Francisco Morazán, primer centro de estudios para oficiales de las fuerzas armadas.

Al soldado de este cuerpo se le enseñaba la instrucción de las armas, que junto a su unidad caballar previamente adiestrada se hacían un solo cuerpo para sostener una batalla.

En el siglo XIX fue creada la “Caballería Morazánica” que luchó al lado del prócer general Francisco Morazán y que se destacó como estructura militar de acuerdo a la avanzada movilidad y funcionalidad presentadas en las batallas.

[cita requerida] Es la que es lanzada con paracaídas a un punto determinado del territorio, desde una aeronave en pleno vuelo (avión, helicóptero) ganando posiciones con gran rapidez y movilidad, su desplazamiento es la insignia del demás regimiento y batallones.

El escuadrón estaba conformado por oficiales debidamente escogidos y entrenados por agentes estadounidenses de la CIA y el Colegio Militar de la Nación, su trabajo durante la Guerra Fría era el de realizar perfiles, búsqueda y captura a supuestos traidores a la patria y la libertad democrática, como a espías comunistas infiltrados o estacionados dentro del territorio nacional.

[8]​[9]​ Cuando sucedió la guerra contra El Salvador o “Guerra del Fútbol” en 1969 las Fuerzas Armadas contaban con un número reducido de soldados, por lo que muchos civiles, mujeres y hombres se aprestaron a luchar y defender la patria, por lo que ahora son reconocidos mediante una organización denominada “Veteranos de Guerra”.

Fue fundada en 1959 y bautizada con el nombré del prócer y héroe centroamericano general Francisco Morazán Quezada, para sustituir a la antigua Academia Militar en la Formación de oficiales Licenciados en Ciencias Militares, para las Fuerzas Armadas de Honduras.

La Naval hondureña fue fundada en 1976 siendo sus sede en las localidades costeras de La Ceiba, Atlántida y Puerto Cortés.

El Liceo cuya finalidad es graduar jóvenes civiles en oficiales subtenientes de reserva para las Fuerzas Armadas de Honduras y bachilleres para continuar en las diferentes profesiones que el país requiera.

Era denominada Escuela para Aplicación para Oficiales del Ejército y se encontraba su sede en el Cuartel San Francisco en la ciudad de Tegucigalpa, M.D.C.