En 1831 fue creada la Escuela Militar con asiento en el Cuartel San Francisco, siendo nombrado director el Coronel Narciso Benítez de origen colombiano; de esta escuela egresaron: Francisco Morazán, José Antonio Márquez, Diego Vigil, Liberato Moncada, Joaquín Rivera Bragas, José Santos Guardiola que fueron presidentes de Honduras, entre otros.
La segunda etapa de las Fuerzas Armadas se encuentra entre los años 1842 y 1876 cuando surge el uniforme colectivo a mediados de la década de 1840 cuando las tropas del general José Santos Guardiola se enfrentaron a las del general Nicolás Ángulo, el año 1845 en el "Combate del Obrajuelo", en San Miguel, El Salvador.
Se enfrentaron los ejércitos aliados de Honduras y El Salvador contra Nicaragua.
Honduras estaba siendo gobernando por una Junta Militar que en el año 1956 había derrocado al gobierno de Julio Lozano Díaz, quien había llegado efímeramente al poder como sucesor del supuestamente enfermo presidente Juan Manuel Gálvez Durón.
La Junta Militar estaba conformada por el general Roque Jacinto Rodríguez Herrera, el coronel Héctor Caraccioli Moncada y por el Mayor Roberto Gálvez Barnes.
Todo finalizó en una tregua y luego con un fallo delimitando los límites fronterizos, emitido por el Tribunal de La Haya, Holanda.
En las décadas de los años 70 y 80, los países centroamericanos acariciaban la filosofía comunista teniendo como ejemplo y satélite a la isla caribeña de Cuba, sumida en el gobierno del abogado Fidel Castro.
Idea con la cual se retomó el camino del respeto a los derechos Humanos, cerrando así la historia oscura que cubrió a la institución castrense durante la década de los años 80 en la cual bajo un total irrespeto a los derechos humanos, esta se vio involucrada en acusaciones de desapariciones forzadas, asesinatos políticos, persecuciones, abusos de autoridad, escándalos de corrupción y narcotráfico.
Honduras contaba con democracias desde 1824, que lamentablemente fueron interrumpidas en varias ocasiones por altos mandos del ejército, los que realizan golpes militares, entre ellos se encuentran: Son de hacer notar los gobiernos militares del General Juan Alberto Melgar Castro entre 1975 y 1978, debido a la decadencia del general Oswaldo López Arellano, y el triunvirato integrado por el general Policarpo Paz García, coronel de aviación Domingo Álvarez Cruz y el teniente coronel de infantería Amilcar Zelaya Rodríguez, quienes gobernaron entre 1978 y 1980.
[13] Asimismo el ARTÍCULO 279 del mismo cuerpo constitutivo, menciona: El Secretario(a) de Estado en el Despacho de Defensa Nacional, será el ciudadano(a) que reúna los requisitos que señala esta Constitución y las demás Leyes; el Jefe del Estado Mayor y Conjunto de las Fuerzas Armadas, será un Oficial General o Superior, con el grado de Coronel de las armas o su equivalente, en servicio activo, con méritos y liderazgo, hondureño por nacimiento y deberá reunir los requisitos que determine la Ley.
Y el ARTÍCULO 290 menciona: Los grados militares solo se adquieren por riguroso ascenso de acuerdo con la Ley respectiva.
Los militares no podrán ser privados de sus grados, honores y pensiones en otra forma que la fijada por la Ley.
[18] Según lo ordenado en la Constitución de la República, en el CAPÍTULO I, Artículo 40: Son deberes del ciudadano: 1.
[20] Disponibilidad se calcula, en personas aptas (16-49 años: Personas aptas para hacer el servicio militar: Personal de reserva Honduras presenta la incorporación de la mujer a las Fuerzas Armadas profesionales y de comando suponiéndose como debido factor, la guerra contra El Salvador ocurrida en 1969.
42% de la armada administrativa la componen mujeres y 10% es el personal femenino para el combate.