Fue destinado para impartir clases de gramática latina, escritura, aritmética, filosofía y religión, a cargo del padre José Antonio Murga.

El general Francisco Morazán Quezada confisca el local bajo custodia de la Alcaldía Mayor de Tegucigalpa, es destinado para una imprenta donde se publicó el diario oficial La Gaceta (Honduras) y para cuño.

Nuevamente el local es sede de la Escuela Militar, inaugurada en el gobierno del doctor Marco Aurelio Soto y que a principios del nuevo milenio es reorganizada por el presidente Manuel Bonilla como Escuela Militar de Honduras, de esta escuela se gradúa como alférez el presidente general Vicente Tosta Carrasco.

En la Segunda Guerra Civil de Honduras o Revolución reivindicatoria, el edificio no sufrió daños severos.

En el edificio se aloja la Primera Zona Militar, al ser organizada las fuerzas armadas.

Una vez en el poder la proclamada la Junta Militar de Honduras 1956-1957 al mando del triunvirato formado por el general Roque Jacinto Rodríguez, el coronel de aviación Héctor Caraccioli Moncada y el mayor Roberto Gálvez Barnes, se ordenó su inmediata restauración.

En el intento de golpe de Estado al presidente constitucional doctor Ramón Villeda Morales, por el coronel Armando Velásquez Cerrato, que no produjeron consecuencias desafortunadas para el edificio.

El Cuartel de San Francisco recibe menores daños durante el nuevo golpe de Estado perpetrado por el coronel Oswaldo López Arellano, al señor presidente doctor José Ramón Villeda Morales.

[1]​ En 2005 fue descubierta una fosa de aparentemente del siglo XVIII y que fue utilizada como polvorín.