Un joven José María Medina recibe las primeras letras en la escuela elemental del maestro Eusebio Toro.
Medina, seguidamente se une al ejército del cual siendo suboficial de menor rango su primera intervención es en la Campaña de León (Nicaragua) en 1844 contra el filibustero William Walker.
1857 (mayo) 1862 José María Medina Castejón se rodeó de los más sagaces políticos y militares hondureños del siglo XIX como lo fueron: el abogado Crescencio Gómez Valladares, doctor Francisco Cruz Castro, abogado y general Juan Antonio Medina Orellana, General Brigadier José Santos Guardiola Bustillo, general Florencio Xatruch, licenciado Carlos Gutiérrez, el coronel Pedro Antonio Cloter,[Nota 4] entre otros.
El senador José María Medina Castejón,[5] asume las funciones de presidente provisional, hasta que el vicepresidente señor Victoriano Castellanos Cortés, regrese de un viaje por El Salvador y asuma el cargo que Medina reconoce como legítimo.
Mientras tanto, Medina ejerce en la administración, son apresados por el General Casto José Alvarado, Senador Teodoro Aguiluz, senador Rafael Padilla y José Francisco Montes Fonseca, los hechores del asesinato de Guardiola; Mayor de plaza Pablo Agurcia, Wenceslao Agurcia, Juan Antonio Pantoja, Miguel Juanes, Nicolás Romero, Pedro Amador y el actor hechor Cesareo Aparicio (salvadoreño) mismos que fueron presentados a un Tribunal, juzgados y condenados por magnicidio, fueron ejecutados mediante fusilamiento en la Plaza de Comayagua.
En 1863 el general José María Medina Castejón, con su alto mando compuesto entre otros oficiales por el general Florencio Xatruch, el teniente coronel Juan Antonio Medina Orellana, reúne un ejército con hondureños, salvadoreños y guatemaltecos comandados por el General Brigadier Vicente Cerna y Cerna bajo las órdenes del general Rafael Carrera, presidente vitalicio de Guatemala, el general brigadier Vicente Cerna y Cerna invade Honduras, se toma Cucuyagua el 10 de junio y luego “Los Llanos” de Santa Rosa el 15 de junio.
[6] marchando después hacia la capital Comayagua para deponer al presidente interino José Francisco Montes Fonseca.
Durante este gobierno, nombró a Jean Víctor Herrán y Carlos Gutiérrez como representantes diplomáticos al Reino Unido y a París capital francesa, con el fin de contratar empréstitos para el país por la cantidad de 6 millones de libras esterlinas; pero solo le fueron enviadas 300,000.
Se construye la primera línea ferroviaria para la locomotora hondureña, entre Pimienta hasta Puerto Cortés que es no más de 53 millas de distancia, aunque la idea era trazar un ferrocarril interoceánico.
Es de hacer notar que esta deuda fue cancelada por el presidente Miguel Paz Barahona en 1926.
José María Medina es nuevamente reelecto para otros cuatro años más.
Entra en circulación una nueva moneda nacional de metal (níquel) lo cual agrava la situación de préstamo con las Casas Parisinas, ya que esta nueva moneda no es aceptada en el mercado y pronto se devalúa, ocasionando una crisis económica en Honduras.
[11] El gobierno de José María Medina se vio opacado con la crisis económica principiada por los financieros bancarios, en 1870, Honduras obtuvo un préstamo extraordinario de la entidad londinense Bischoffsheim, siendo uno de los países centroamericanos más pobres, el gobernante José María Medina soñaba con la ilusión del ferrocarril por lo que agradeció el préstamo, en esos años varios bancos londinenses pusieron especial empeño.
Charles Lefebvre, se supo luego, reservó 4.000 libras de sus ganancias para el diamante que regaló a la mujer del embajador y otras 10 000 para el presidente hondureño, José María Medina.
Mientras tanto, las tropas hondureñas comandadas por el general Juan Antonio Medina Orellana unidas a las rebeldes de Santiago González Portillo habían llegado hasta la capital salvadoreña, tomándola en una acción bélica relámpago y derrocando al presidente Francisco Dueñas el 12 de abril de 1871, el general Florencio Xatruch Villagra al verse sin apoyo salvadoreño decide irse hacia Nicaragua, llegando victorioso el Capitán general José María Medina a la capital hondureña y continuar con su administración.
Un José María Medina abatido por enfermedad designa la titularidad del gabinete en su amigo y camarada el Licenciado Inocente Rodríguez.
Luego José María Medina parte con rumbo al occidente del país a su hacienda ubicada entre Lempira e Intibucá a pasar unas vacaciones en octubre de 1871 hasta su regreso el próximo año En Guatemala, el general Miguel García Granados se rebela.
En 1872 (abril 5), el Capitán general José María Medina deposita la presidencia en manos de su íntimo amigo el licenciado Crescencio Gómez Valladares y marcha a enfrentarse a las invasiones provenientes desde Guatemala y El Salvador.
En 1872 (mayo 8), estalla la guerra de Honduras contra Guatemala y El Salvador.
En 1872 (mayo 12), el liberal Carlos Céleo Arias López se une a las fuerzas liberales, para derrocar el gobierno conservador del Capitán general José María Medina y se propone como futuro presidente, proclamándose efectivamente, en la localidad de Candelaria.
Mientras el general José María Medina había marchado en retirada hacia el norte de Honduras, donde pretendía reorganizarse.
En 1872 (julio 16), uno de los comandantes de armas, el general Juan Antonio Medina Orellana "Medinita" levantado en rebeldía contra el Capitán general José María Medina "Medinón", asume la presidencia y ordena al licenciado Crescencio Gómez Valladares que emitiese un decreto renunciando a la presidencia.
Para Juan Antonio Medina Orellana, la presidencia le resulta fugaz, diez días de gobierno.
Luego el propio general Ponciano Leiva, quien había invadido a Honduras por el lado sur con soldados de los tres países, era proclamado presidente.
José María Medina, deseaba que su amigo Manuel Colindres Gradiz fuera su sucesor en la presidencia de la república al terminar su periodo, Colindres Gradiz en ese entonces fungía como Ministro de su gobierno.
Justo Rufino Barrios había enviado escueta nota al gobernante Marco Aurelio Soto, con el fin de que se anulase a José María Medina, de una vez por todas, a su vez solicitaba su fusilamiento.
Por fin, Medina fue arrestado en su "Hacienda El Rosario",[20] también fue arrestado Ezequiel Marín junto a otros seguidores entre los que estaban: Rafael Villamil, el coronel Servando Medina, capitán Roque Rosales, capitán Anselmo Montoya, teniente Israel Álvarez, teniente José María Espinoza, sargento 1 Juan Rivera, entre otros, se les acusaba de conspiración y fueron procesados por los delitos de traición y ocultamiento de armas para una rebelión contra la administración "Soto-Rosa" (Marco Aurelio Soto y su primo hermano Ramón Rosa).
Se nombró un Tribunal ad hoc para que conocieran de la causa y fueron encontrados culpables asimismo sentenciados a muerte —como Rufino Barrios, había recomendado—.
Mariana Milla de Medina y Trinidad Pineda viuda de Marín fueron donde el general Emilio Delgado para que aplazara la ejecución y ver a su esposo e hijo respectivamente, por última vez.
En cuanto a los demás conspiradores Israel Álvarez y sargento Juan Rivera fueron condenados a diez años de presidio en el Fortaleza de San Fernando se indultó a Rafel Villamil, Servando Medina, Roque Rosales, Anselmo Montoya, José María Espinoza.