Más tarde, siendo ya el país una república, en 1868, y bajo la presidencia del General José María Medina, este intento continuar con el proyecto ferroviario nacional inter oceánico, el cual seguiría la siguiente ruta.

Para tal aventura, Medina se comunicó con el embajador plenipotenciario de Honduras en Europa, abogado Carlos Gutiérrez,[Nota 1]​[Nota 2]​ quien junto, al de origen francés señor Jean Víctor Herrán[Nota 3]​ se trasladaron a Inglaterra para sostener pláticas con el reino inglés y así financiar la obra mediante un préstamo.

Supuestamente en 1869, en Francia, las casas parisinas: Dreyfus, Scheyer y Company, entregaron el resto del dinero prestado por el gobierno de Honduras.

En el mismo mes y año, en San Pedro Sula circulaba la locomotora “Medina” junto con un carro de “primera clase” y de otros vagones, para diciembre de 1870 las locomotoras (tres en total) trabajaban a pleno vapor abarcando Puerto Cortés, San Pedro Sula, Potrerillos y Villa Medina.

La empresa The Vaccaro Brother Company, como lo hicieron más tarde otros concesionarios en la costa norte, aprovechó los privilegios que le otorgaban las concesiones para exportar banano desde la ciudad puerto de La Ceiba.

[3]​ [4]​ Los 785 km de vías férreas fueron construidos originalmente por las compañías bananeras y consisten en dos sistemas separados con diferentes entrevías.

El sistema más grande, con casi 600 kilómetros de vía, fue construido por la Standard Fruit Company.

También se fueron introduciendo más locomotoras eléctricas y a diésel para el transporte de banano.

El Ferrocarril Nacional logró sobrevivir a los años 90 aun brindando servicios de transporte público aunque esto terminaría en 2006 para ser reactivado en 2011.

En 2023 se logró rehabilitar la línea férrea que pasa por el Parque Cuero y Salado en La Ceiba.

En 2023 se volvió a retomar los avances en la construcción del ferrocarril interoceanico, varias de las naciones que muestran interés en particpar en dicho proyecto son son, Italia, España, Japón, Corea del Sur, Catar, y los Estados Unidos.