El nombre Amapala deriva del náhuatl y significa "Cerca de los amates", sin embargo hay otra versión que asegura que proviene de los vocablos "ama" (maíz) y "palha" (cerro) del dialecto de Goajiquiro, y por lo tanto significaría "Cerro del maíz".

El nombre de la isla en que se asienta Amapala se debe a que en el siglo XVI operaba en la isla un grupo de piratas comandados por el pirata Francis Drake, él y sus hombres eran considerados por los habitantes de la zona como fieras salvajes y sanguinarios, por lo que llamaron a la isla "Cerro del Tigre".

Amapala está formado por la Isla de El Tigre, la Isla Zacate Grande y sus islotes satélites y rocas en el Golfo de Fonseca.

La efímera unión cambió su nombre oficial a Estados Unidos de Centroamérica al entrar en vigor su constitución en 1898, conservando su capital en Amapala.

En esa región se ubica El Golfo de Fonseca, la "triple frontera" fuente de conflictos en Centroamérica que ahora Honduras, El Salvador y Nicaragua ven como una oportunidad.