[1] En sus inicios estaban regidos por un Consejo Ejecutivo reunido en Amapala, Honduras, y tuvieron una vida corta y azarosa.
La Dieta de la República Mayor de Centroamérica continuó residiendo en Managua con su organización precedente hasta el mismo 1 de noviembre, cuando fue trasladada a Amapala para la instalación del Consejo Ejecutivo Provisional que estaría encargado del poder ejecutivo de la federación hasta la elección del presidente.
[2] La Asamblea también convocó una elección general para el primer domingo de diciembre de 1898 para proceder a la elección del presidente de la república, 14 diputados propietarios y 14 suplentes para cada estado, y 4 propietarios y 4 suplentes por el Distrito Federal.
[2] El 13 de noviembre hubo un golpe militar en el Estado de El Salvador, encabezado por el general Tomás Regalado.
[3] Este anunció enseguida que El Salvador abandonaba la Federación.