Tocando al asta, en la franja superior, tiene un medio sol amarillo de nueve rayos.

Dejó a un encargado, Juan López de Aguirre para que estableciera la nueva aldea.

Cortés visitó la aldea poco después, durante una campaña para eliminar a sus opositores.

Las cercanías de Trujillo eran habitadas por varios grupos, entre ellos los Chapagua y los Papayeca.

El grupo Papayeca resitio y se enfrentó a los conquistadores españoles.

Debido a esta resistencia Hernán Cortés decidió enviar a capturar al cacique Mazatl, a quien ahorcaron, también secuestraron al cacique Pizacura, quien posteriormente fue liberado, posteriormente los indígenas se sublevaron encabezados por el cacique Pizacura, una vez vencidos los rebeldes indígenas, Trujillo fue declarado como el puerto más importante de Honduras, desde donde partían y llegaban mercancías de la península hasta la Nueva España mediante la Flota de Indias.

Sin embargo, al considerarse Trujillo indefendible, los españoles la abandonaron completamente durante casi todo el sigo XVIII.

En 1860, el mercenario William Walker, que había logrado cierto control sobre la vecina nación de Nicaragua.

Los cinco países (Guatemala, Nicaragua, El Salvador, Honduras y Costa Rica) dejaron de lado sus diferencias políticas y se unieron por el bien común de la región.

Entre los combates que dirigió contra los filibusteros se destaca el de La Puebla, en Rivas.

El escritor estadounidense O. Henry (William Sídney Porter, 1862-1910) pasó unos siete meses viviendo en Honduras, principalmente en Trujillo.