Xatruch tuvo una gran participación e influencia, tanto política como militarmente, en toda la región centroamericana.

Un par de años después, Florencio Xatruch se levantó en armas apoyando a su amigo José Santos Guardiola en contra del gobierno liberal del general José Trinidad Cabañas.

El presidente de Honduras en ese entonces general brigadier José Santos Guardiola contribuyó a la causa con más de trescientos hombres, los cuales estarían bajo la dirección del general Florencio Xatruch.

Sin embargo, por acuerdos políticos, luego asumió el mando don José Joaquín Mora Porras y Florencio Xatruch quedó como inspector general.

Entre los combates que dirigió contra los filibusteros se destaca el de La Puebla, en Rivas.

Luego regresó a Nicaragua donde trabajó en los caminos de Mateare, Masatepe y Jinotepe.

Pero por sus conflictos con el presidente capitán general José María Medina fue destituido por la asamblea legislativa.

En ese cargo duró hasta el 23 de mayo del mismo año, cuando fue derrotado por las fuerzas del general José María Medina, por lo que el general Xatruch se vio forzado a exiliarse en Nicaragua donde permaneció por algún tiempo.