Como respuesta contra dicha acción, los seguidores del derrocado mandatario, además de sectores independientes que rechazaron estas acciones, fundaron al poco tiempo el "Frente Nacional Contra la Deposición Presidencial", que demandaba la restitución de Zelaya al poder.
[12][13][14] El 11 de febrero de 2012, el partido en formación presentó oficialmente a su futura candidata a la presidencia, la ex primera dama Xiomara Castro, esposa de Manuel Zelaya, quien formaría parte del proceso electoral como una candidata escogida por consenso entre los distintos movimientos dentro del partido Libre.
[16] El 13 de marzo, el TSE autorizó la inscripción del Partido Libertad y Refundación, entregándole dos días después y en acto público la documentación oficial que lo acredita como el séptimo partido político inscrito de Honduras.
[22] En las elecciones generales llevadas a cabo el domingo 24 de noviembre, Libre logró consolidarse como la segunda fuerza política del país, desplazando a un tercer lugar al tradicional Partido Liberal.
El ganador de estas fue el Partido Nacional, que logró llevar a la presidencia a su candidato Juan Orlando Hernández con un 36 % de los votos, mientras que Xiomara Castro obtuvo un 28 %.
La misma noche del día de las elecciones, con una mayoría de los votos escrutados marcando una clara tendencia a favor del candidato Juan Orlando Hernández, tanto este, como el candidato del PAC, Salvador Nasralla, y Xiomara Castro; se declararon ganadores de los comicios generales.
La negativa del partido Libre en reconocer los resultados provocó que desde el martes 26 hasta el jueves, se movilizaran diariamente unos 500 simpatizantes de Libre en distintos lados de la capital, impidiendo el paso y protestando por el supuesto fraude contra Castro.
Castro ganó la elección presidencial, convirtiéndose en la primera mujer en Honduras en hacerlo.
Se caracteriza por oponerse abiertamente al neoliberalismo, las privatizaciones, y la corrupción.
En sus "Declaración de Principios", Libre aboga a la refundación del Estado, «la transformación de la sociedad y del sistema económico y político, así como la construcción de una verdadera democracia participativa e incluyente basada en la igualdad, la libertad, la solidaridad y la justicia con las cuales se garantice el respeto universal e irrestricto de los derechos humanos;»[9] Libertad y Refundación considera que para refundar Honduras y lograr la transformación de la sociedad es impostergable convocar una Asamblea Nacional Constituyente que escriba una nueva constitución para el país, y mantiene a esta como su principal ideología de campaña.
Las principales propuestas de gobierno que ha dado el partido es romper con el sistema neoliberal y llevar a cabo un sistema económico más orientado a una tercera vía.
También se han protestado contra el gobierno de Juan Orlando Hernández.