En 2017, fue reelecto en unas controvertidas elecciones, consideradas como fraude electoral, por gran parte de la opinión pública, debido a múltiples irregularidades.

[6]​ Un día después, Hernández fue arrestado en su domicilio[7]​[8]​ y guardó prisión preventiva en una unidad especial de la Policía Nacional.

[12]​ Al graduarse, su hermano Marco Augusto, quien ocupaba la Primera Secretaría del Poder Legislativo para el periodo 1990-1992, lo nombró su Asistente Ejecutivo, lo que le permitió conocer más de cerca a muchos líderes del Partido Nacional.

Durante ese tiempo también fue monitor de la cátedra Derecho Procesal Civil I en la UNAH.

Durante su segundo período legislativo (2002-2006), fue elegido como primer secretario de la Junta Directiva.

[32]​ Tanto Hernández como el presidente de la República, Porfirio Lobo Sosa, lamentaron esta decisión.

[35]​ La ley violaba además garantías constitucionales y del derecho internacional.

[37]​ La acción fue considerada por muchos un "golpe institucional" contra la Corte Suprema de Justicia por parte del Congreso, que excedió sus facultades según expertos constitucionalistas.

En noviembre de 2016, Juan Orlando anunció que buscaría la reelección, postulándose como precandidato por dos corrientes internas dentro del Partido Nacional.

[53]​ Los cuestionamientos al proceso y las protestas de opositores llevaron a una crisis poselectoral.

También le quitó el rango de secretaría a varias instituciones.

[57]​ En su primer acto público como presidente, Juan Hernández firmó una carta de intenciones con Transparencia Internacional para pactar un convenio entre su gobierno y este organismo internacional,[58]​ el cual fue firmado en octubre de 2014.

[74]​ En Economía, Honduras ha tenido importantes avances, re-estableciendo con éxito su estabilidad macroeconómica y bajando sustancialmente su déficit fiscal.

[75]​ En 2015, la Cepal colocó a Honduras como el país con más pobreza en Latinoamérica,[76]​ reportando en los siguientes años un aumento económico del 11%.

[77]​[78]​ Asimismo, ha reducido su riesgo crediticio a cifras históricas,[79]​ pudiendo cumplir en tiempo y forma con las obligaciones financieras.

Sus padres son Juan Hernández Villanueva y Elvira Alvarado Castillo, siendo el número 15 de 17 hermanos.

A los 19 años, conoció en la Universidad a Ana Rosalinda García,[84]​ con quien contrajo matrimonio 3 años después, en 1990; ambos tienen cuatro hijos: Juan Orlando, Ivonne María, Ana Daniela e Isabela.

[92]​ Sin embargo, horas después fue internado por neumonía en el Hospital Militar de Tegucigalpa,[93]​ donde fue tratado con anticuerpos y medicamentos por la vía intravenosa.

Hernández admitió este hecho y alegó desconocimiento sobre la fuente ilegal de dichas donaciones,[95]​ las cuales posteriormente "fueron devueltas" según el presidente del Partido Nacional.

[96]​ El escándalo provocó que decenas de miles de hondureños protestaran cada viernes en las principales ciudades del país, portando antorchas y pidiendo la renuncia del presidente bajo la consigna «Fuera JOH».

[99]​ Sin embargo, tiempo después Amnistía Internacional y el Comité de la ONU contra la Tortura criticaron la deficiente investigación de las autoridades hondureñas en el caso.

Ante esto, el presidente Hernández reaccionó en Twitter diciendo que «la alegación en sí es 100% falsa, absurda y ridícula... esto es menos serio que Alicia en el País de las Maravillas».

[112]​ El testigo presentado por la fiscalía para corroborar esa historia fue el exalcalde hondureño Amílcar Alexander Ardón Soriano, quien afirmó haber presenciado una reunión entre Tony Hernández y El Chapo, donde se entregó la suma para la campaña de reelección de Hernández como diputado del Congreso Nacional de Honduras.

[n 2]​ También afirmó que Hernández le pidió sobornar a tres diputados de ese departamento para que votarán por él a la presidencia del Congreso, y así procedió.

[117]​ Hernández guardó prisión preventiva en una unidad especial de la Policía Nacional.

Partió del Aeropuerto Toncontín en un avión de la DEA rumbo a Nueva York.

[119]​ Durante la segunda audiencia, el 10 de mayo, Hernández se declaró "no culpable".

Esto es prepotencia, violación de derechos humanos; eso es indigno, encadenar a alguien».

El mismo día la Secretaría de Estado de la Presidencia emitió un comunicado en el que el asesor de la presidencia Manuel Zelaya dijo que a Hernández se le está tratando con dignidad y «absoluto respeto a sus derechos humanos».

El canciller de Honduras, Eduardo Enrique Reina, dijo al día siguiente que a Hernández no se le violentaron sus derechos.