Unos años después en 1678 se solicita la creación del colegio, mismo que se constituyó en 1679 mediante Cédula Real y se terminará su edificio hasta el año de 1684 siendo el Obispo fray Alonso Vargas y Abarca que fundase el Colegio Seminario de San Agustín[1]​ a partir de la primera escuela básica creada por Corella, las cuales servían con clases de Gramática castellana como Gramática latina, Historia, Matemáticas, Teología y Moral.

Ambas solicitudes no llegaron con buen resultado para la rectoría, al año siguiente en 1821 el Doctor Mariano Méndez, rindió un informe a las Cortes que en Comayagua únicamente existía un Colegio seminario con estudios de Latín y Moral, seguidamente propuso que se le diera la autorización para estudios menores universitarios, en virtud de que en Guatemala y Nicaragua existían centros con estudios superiores.

Mediante el Concilio Ecuménico celebrado en Trento, se le da nuevas direcciones al Colegio Tridentino, el que funcionó hasta 1827, cuando fue clausurado a causa del derrocamiento de la jefatura de gobierno del Licenciado Dionisio de Herrera a manos del General José Justo Milla y las fuerzas invasoras federales guatemaltecas.

En 1874 este edificio el presidente Carlos Céleo Arias Lópe, firmó su capitulación de entrega del gobierno, al General Ponciano Leiva Madrid.

La reconstrucción fue dirigida por Carlos Yuja Vindel y tardó unos tres años en completarse.