Recayendo la rectoría en el presbítero José Trinidad Reyes quien en 1841 ya había rectorado un centro de estudios en el Convento de San Francisco y bajo los auspicios del Jefe político Liberato Moncada.

[3]​ El 10 de marzo de 1846, el presidente General Coronado Chávez, mediante decreto gubernamental otorgó el apoyo necesario y económico a la Sociedad del Genio Emprendedor y del Buen Gusto, elevándola así con el título de “Academia Literaria de Tegucigalpa”.

La academia, en fecha 19 de septiembre de 1847, en la presidencia del Licenciado don Juan Lindo, se transforma en la Universidad Central de Tegucigalpa, reorganizada y siempre con la misma rectoría del Presbítero Trinidad Reyes.

Se escogió el local del Convento de San Francisco (Cuartel San Francisco) para sede del centro educativo y abriría con cátedras de derecho civil, filosofía, letras y teología.

En ésta carta magna, la educación primaria se torna obligatoria para todo hondureño, la Universidad Central de Tegucigalpa es reorganizada como Universidad Nacional de Honduras,[Nota 5]​ se crean las facultades de las carreras de Medicina, Farmacia y Derecho, para ello trasladándose a un nuevo local frente a la Plaza La Libertad.