En 1876 la Asamblea Nacional Legislativa otorgó al instituto una parte del impuesto acordado y en compensación entregó la suma de 4000 Pesos del impuesto de tierras, lo cual no era suficiente, más tarde el presidente Marco Aurelio Soto ordenó que se entregasen 40 Pesos mensuales al Instituto.

Tegucigalpa, se emitió el 4 del mes de abril de 1879. nombrándose como Rector al Presbítero y Licenciado Jesús María Rodríguez Orellana,[Nota 2]​[3]​ a partir de allí el novel centro universitario siguió titulando bachilleres y licenciado en derecho.

Al año siguiente (1881) se rinde otro informe al gobierno de la república sobre los avances en la vida del centro universitario que cuenta con 76 alumnos, distribuidos así: 14 estudian Ciencias Sociales y 62 ciencias y letras.

Se iniciaron los trámites para la abrir la carrera de Medicina pero no tuvo el alcance y proyección deseado por lo que fracaso.

El UNO adquirió una imprenta en la que editaban un periódico universitario, así informaban al pueblo y se costeaban algunos gastos, que no eran suficientes; los problemas económicos acrecentaban más a la universidad; pero aun con las rentas recibidas y el apoyo de los ciudadanos el UNO no logró subsistir, desapareciendo por completo en el año de 1884.