El presidente federal itinerante, general Francisco Morazán mantenía a la fuerza la unión centroamericana que los liberales pretendían, pero la fuerza de la Iglesia Católica, el resurgimiento paulatino del poder del Clan Aycinena y de los conservadores guatemaltecos en colaboración con el caudillo mestizo Carrera, resquebrajó la federación.

Carrera fue perseguido hasta que fue capturado cerca de Quetzaltenango,[3]​ y el gobernador de Guatemala Mariano Rivera Paz fue destituido y en su lugar colocaron al militar salvadoreño Carlos Salazar Castro.

[4]​ Morazán no pudo fusilar a Carrera luego de capturarlo, pues lo necesitaba vivo para que no se produjera una revuelta campesina en Guatemala; se vio obligado a dejarlo como jefe militar de Mita, pero sin armas.

El ejército hondureño-nicaragüense tocó la retirada y marcharon hacia territorio hondureño, perseguidos por las tropas salvadoreñas.

[6]​[4]​ Tras ese victoria, se enteró de que el Estado de Los Altos había declarado su formación, y entonces marchó hacia dicha región a imponer su autoridad por la fuerza; retomó el estado y le advirtió que les perdonaba la vida solamente por una vez, pero no dos.