[3]​ Creyendo que Carrera estaba totalmente vencido, Morazán y Barrundia se dirigieron a la Ciudad de Guatemala en fueron recibidos como salvadores por el gobernador Pedro José Valenzuela y los miembros del Clan Aycinena, quienes incluso propusieron patrocinar uno de los batallones liberales, mientras que Pedro José Valenzuela y Barrundia pusieron a las órdenes de Morazán los recursos de Guatemala para solventar cualquier problema financiero que tuviera.

[6]​ Sabiendo que Morazán se había ido a El Salvador, Carrera intentó tomar Salamá con la pequeña fuerza le quedaba, pero fue derrotado, perdiendo a su hermano Laureano en el combate.

[9]​ Tras varios intentos infructuosos de tomar la ciudad y Quetzaltenango, fue cercado y herido, tuvo que capitular ante el general mexicano Agustín Guzmán, quien radicaba en Quetzaltenango desde la llegada de Filísola en 1823.

[10]​ En Mita, recibió un aviso de Francisco Ferrera para reunirse, a lo que accedió; sabiendo que Morazán iba a atacar El Salvador, decidieron que Carrera iba a atacar la Ciudad de Guatemala y para ello Ferrera le dio mil armas y municiones.

Incluso, para demostrar a Carrera que ni se le temía ni se le desconfiaba, retiró las fortificaciones que había en la capital guatemalteca desde la batalla de Villa Nueva.

[9]​[12]​ Ya sin Salazar, Carrera restituyó a Rivera y Paz, como gobernador de Guatemala; Rivera Paz a su vez lo nombró general en jefe del Ejército aunque en realidad era Carrera quien tenía el mando absoluto.

En forma similar a su primera invasión, llegó hasta Barberena prácticamente sin ser molestado.

[19]​ De tal suerte que Carrera, para entonces ya un experimentado militar[c]​ supo plantar cara y batalla a Morazán hasta derrotarlo de manera fulminante, al grado que éste, ayudado por Ángel Molina[d]​ que conocía los callejones al oeste de la ciudad, tuvo que huir con sus predilectos disfrazado y gritando «¡Qué viva Carrera!» por el barranco del Incienso hacia El Salvador, para salvar la vida.

[19]​ En Guatemala, los salvadoreños sobrevivientes fueron fusilados sin piedad, mientras Carrera estaba fuera en persecución de Morazán, a quien no logró darle alcance.

Quería seguir mi camino con muchas ansias, pero hubiera sido una locura proseguir; de hecho, ningun dueño de mulas hubiera aceptado ir conmigo, y me ví obligado a regresar a Chiquimula».

[21]​ Los primeros setenta y seis colonos arribaron junto con los fusiles prometidos y los primeros sacerdotes jesuitas que regresaban a Guatemala desde 1765; el representante de la colonia, Remy de Puydt prometió que otros setecientos colonos arribarían en los próximos meses e iniciarían los trabajos a que se comprometió para obtener la concesión.

Para agosto de 1848, la situación de Guatemala era caótica: Serapio Cruz (conocido como «Tata Lapo») asaltaba el Quiché promoviendo revueltas en contra del gobierno; había revueltas en el oriente del país; los liberales y conservadores se mantenían en constante pugna, y en medio de todo esto, el presidente Carrera se dio cuenta de que su prestigio se esfumaba y que era conveniente renunciar, lo que hizo con el siguiente manifiesto a la Asamblea Legislativa: La Asamblea aceptó la renuncia de Carrera en el acto, pasando a deliberar quién debería sustituirle.

Al final, escogieron al señor Juan Antonio Martínez por las siguientes razones: Carrera partió a México en 1848; en su ausencia, la Asamblea Legislativa, ahora en poder de los liberales, dictó una disposición por la que se le declaraba fuera de la ley que debía aplicársele la pena de muerte si osaba regresar al país.