Fue designado luego de la renuncia del presidente José Rafael Carrera y Turcios el 15 de agosto de 1848.

La Asamblea Nacional Legislativa, liderada por los liberales, aceptó la renuncia de Carrera el 17 de agosto de 1848, pasando a deliberar quién debería sustituirle.

Al final, escogieron al señor Juan Antonio Martínez por las siguientes razones: Al principio, Martínez no aceptó la posición, pero finalmente fue convencido.

Su gobierno se inició el 17 de agosto con el siguiente manifiesto: Guatemaltecos: rodead al gobierno y prestadle todo vuestro apoyo... Al no tener experiencia en el ámbito de la política, la administración de Martínez fue una serie de errores y desviaciones.

Como comerciante de grana, y banquero experto en moneda extranjera, tuvo un buen manejo del banco de Guatemala.